Die heiligen Texte der geoffenbarten Religionen mögen ewig und unveränderlich sein, aber sie werden von Menschen, die in der Zeit leben, verstanden und angewandt. Die Christen glaubten nicht nur, dass die Juden die Schrift missverstanden hatten, was die christliche Neuinterpretation der jüdischen Schrift rechtfertigte, sondern auch, dass die gesamte jüdische Schrift so verstanden werden musste, dass sie nur eine Teilwahrheit enthielt. Die ganze Wahrheit war nur dann verständlich, wenn die jüdische Schrift richtig interpretiert wurde, und zwar auf eine – wie die Christen es nannten – „geistliche“ und nicht nur auf eine „fleischliche“ Weise.
Obwohl frühe christliche Texte und spätere päpstliche Befehle die Verfolgung und Zwangskonvertierung von Juden verboten hatten, wurden diese Lehren ab dem elften Jahrhundert weniger sorgfältig beachtet. Angekündigt durch eine Reihe von Pogromen sowohl in Europa als auch im Nahen Osten, die im Zuge des Ersten Kreuzzugs durchgeführt wurden, prägte ein tiefer und weit verbreiteter Antijudaismus einen Großteil der europäischen Geschichte nach 1100. In dieser Zeit entstand auch das, was einige Historiker als „chimärenhaften“ Antijudaismus bezeichnen: die Vorstellung, dass der Jude nicht nur unwissend in Bezug auf die spirituelle Wahrheit ist und sich hartnäckig gegen die christliche Verkündigung wehrt, sondern dass er dem Christentum aktiv feindlich gegenübersteht und sich hässlicher Verbrechen gegen das Christentum schuldig macht, wie z. B. des rituellen Mordes an christlichen Kindern und der Entweihung der geweihten Hostie bei der Messe. Diese Form des Antijudaismus führte zu Massakern an Juden, in der Regel in Momenten großer sozialer Spannungen innerhalb der christlichen Gemeinschaften. Eines der am besten dokumentierten Massaker fand 1190 in York (England) statt.
Vor dem 11. Jahrhundert waren die Juden kaum Verfolgungen ausgesetzt, lebten unter Christen und übten sogar dieselben Berufe wie Christen aus. Der eingeschränkte Status der Juden nach dieser Zeit ermutigte viele von ihnen, sich dem Geldverleih zuzuwenden, was die Feindseligkeit der Christen nur noch verstärkte (Christen war es verboten, anderen Christen Geld zu leihen). Da die Juden im Auftrag der Herrscher oft Arbeiten übernahmen, die Christen nicht tun wollten oder zu denen sie nicht ermutigt wurden, wie z. B. als Ärzte und Finanzbeamte zu dienen, wurden die Juden sowohl wegen ihrer Religion als auch wegen ihrer sozialen Rolle gehasst.
Die jüdische Identität wurde auch visuell gekennzeichnet. Juden wurden in der Kunst auf besondere Weise dargestellt, und das vierte Laterankonzil von 1215 bestand darauf, dass Juden Erkennungszeichen an ihrer Kleidung tragen sollten. Selbst wenn sie nicht grausam verfolgt wurden, galten die Juden als Eigentum der europäischen Monarchen und konnten routinemäßig wirtschaftlich ausgebeutet und sogar vertrieben werden, wie 1290 aus England, 1306 aus Frankreich und 1492 aus Spanien.
Doch die Christen glaubten auch, dass es notwendig sei, dass die Juden unbekehrt weiter existierten, denn in der Apokalypse oder Offenbarung des Johannes, dem letzten Buch der christlichen Bibel, hieß es, dass die Juden am Ende der Zeit bekehrt werden würden. Daher musste es einen „rettenden Rest“ von Juden geben, damit sich die biblische Prophezeiung erfüllte.
Muslime hingegen besaßen weder den historischen Status der Juden noch ihren Platz in der Heilsgeschichte (der Ablauf der Ereignisse von der Schöpfung bis zum Jüngsten Gericht). Für viele christliche Denker waren die Muslime ehemalige christliche Ketzer, die Mohammed, den Propheten des Islam, anbeteten und sich der Besetzung des Heiligen Landes und der militärischen Bedrohung der Christenheit schuldig gemacht hatten. Der erste Kreuzzug war zur Befreiung des Heiligen Landes von der islamischen Herrschaft unternommen worden, und spätere Kreuzzüge dienten der Verteidigung der ursprünglichen Eroberung.
Die Kreuzzugsbewegung scheiterte aus vielen Gründen, vor allem aber daran, dass die materiellen Voraussetzungen für die Aufrechterhaltung eines militärischen und politischen Außenpostens so weit entfernt vom Kernland des westlichen Europas nicht gegeben waren. Doch als Bestandteil der europäischen Kultur blieb das Kreuzzugsideal selbst im 15. und 16. Jahrhundert, als das mächtige Osmanische Reich tatsächlich über das Mittelmeer und Südosteuropa hinwegzufallen drohte, präsent. Erst mit dem Vertrag von Carlowitz 1699 wurde eine stabile Grenze zwischen dem Osmanischen Reich und dem Heiligen Römischen Reich gezogen.
Die Verachtung des Islams und die Angst vor der muslimischen Militärmacht verhinderten jedoch nicht einen regen und ausgedehnten Handels- und Technologietransfer zwischen den beiden Zivilisationen oder zwischen ihnen und dem Byzantinischen Reich. Der kommerzielle und intellektuelle Austausch zwischen islamischen Ländern und Westeuropa war beträchtlich. Muslimische Innovationen in den Bereichen Schifffahrt, Landwirtschaft und Technologie sowie ein Großteil der ostasiatischen Technologie gelangten über die muslimische Welt nach Westeuropa – einer der größten Technologietransfers der Weltgeschichte. Was die Europäer nicht erfunden hatten, übernahmen sie bereitwillig und passten es für ihren eigenen Gebrauch an. Von den drei großen Zivilisationen Westeurasiens und Nordafrikas war das christliche Europa zu Beginn in praktisch allen Aspekten der materiellen und geistigen Kultur am wenigsten entwickelt und lag weit hinter den islamischen Staaten und Byzanz zurück. Gegen Ende des 13. Jahrhunderts hatte es begonnen, den Rückstand aufzuholen, und gegen Ende des 15. Die Entdeckungsreisen des späten 15. Jahrhunderts waren nichts Neues, sondern eine ehrgeizige Fortsetzung des europäischen Interesses an fernen Teilen der Welt.