En 1967 Lynn (Sagan) Margulis propuso que las mitocondrias, los plastos fotosintéticos y los cilios fueron adquiridos procariotas y evolucionaron simbióticamente para formar bacterias anaerobias, bacterias fotosintéticas y finalmente algas. Aunque la mayor parte de esta teoría está bien aceptada en la actualidad, la hipótesis de que las espiroquetas endosimbióticas se convirtieron en flagelos y cilios eucariotas, y las siguientes propuestas de un origen endosimbiótico de otros orgánulos eucariotas como los peroxisomas, los glioxisomas, etc. no han recibido mucha aceptación, ya que las pruebas sugieren que carecen de genoma y no muestran similitudes ultraestructurales con las bacterias o las arqueas. Sin embargo, recientemente se ha sugerido la idea de que, a lo largo de milenios, las mitocondrias, los plastos, las células procariotas y eucariotas e incluso los flagelos y los peroxisomas, como endosimbiontes primarios o secundarios, transfirieron parte o la totalidad de su propio ADN al núcleo de las células huésped mediante un proceso denominado «endogenosimbiosis» (es decir, una transferencia genética simbiótica, como la internalización del ADN del endosimbionte con transferencia lateral). Esta endogenosimbiosis podría tener lugar durante la transición evolutiva de la comunidad simbiótica interactiva, invocada por Margulis, a una célula totalmente integrada (ya sea procariota o eucariota). Este proceso podría explicar la ausencia de pruebas de la presencia de ADN en flagelos y peroxisomas cuyos endosimbiontes ancestros, durante la larga evolución endogenosimbiótica, podrían haber transferido todo su genoma a la célula huésped que posteriormente lo integró en su propio genoma, controlando directamente su expresión. Además, la hipótesis de la endogenosimbiosis podría ser la explicación de la transición entre un mundo de ARN a uno de ADN y de algunos casos de verdadera evolución simpática de las especies, aparentemente inexplicables por los procesos canónicos de especiación. Aquí, tras una introducción a las bases teóricas de la endogenosimbiosis y una discusión de las pruebas empíricas que la confirman, muestro un resumen gráfico de la integración entre ésta y las anteriores teorías de la endosimbiosis. La Teoría de la Endosimbiosis Serial y la Endosimbiosis Secundaria se fusionan con la Teoría de la Endogenosimbiosis en una Teoría Simbiogenética Unificada (UST).
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