Ammoniaa esiintyy vesiympäristössä maatalouden valumavesien ja biologisen jätteen hajoamisen vuoksi. Ammoniakki on myrkyllistä kaikille selkärankaisille aiheuttaen kouristuksia, koomaa ja kuolemaa, luultavasti siksi, että kohonnut NH4+ syrjäyttää K+:n ja depolarisoi neuroneja aiheuttaen NMDA-tyyppisen glutamaattireseptorin aktivoitumisen, mikä johtaa liiallisen Ca2+:n tuloon ja sitä seuraavaan solukuolemaan keskushermostossa.
Nykyaikaiset ammoniakki-kriteerit vesijärjestelmille perustuvat toksisuuskokeisiin, jotka on suoritettu nälkiintyneillä, levossa olevilla, ei-stressaantuneilla kaloilla. Tämä on kaksin verroin sopimatonta. Rasittavan liikunnan ja stressin aikana kalat lisäävät ammoniakin tuotantoa ja ovat herkempiä ulkoiselle ammoniakille. Nykyiset kriteerit eivät suojele uivia kaloja. Kaloilla on strategioita, jotka suojaavat niitä ruokinnan jälkeiseltä ammoniakkipulssilta, ja tämä suojaa niitä myös ulkoisen ammoniakin lisääntymiseltä, minkä seurauksena nälkiintyneet kalat ovat herkempiä ulkoiselle ammoniakille kuin ruokitut kalat.
On olemassa useita kalalajeja, jotka voivat sietää korkeaa ympäristön ammoniakkia. Glutamiinin muodostuminen on tärkeä ammoniakin detoksifikaatiostrategia kalojen aivoissa, erityisesti ruokinnan jälkeen. Ammoniakin detoksifikaatiota ureaksi on havaittu myös elasmobrancheilla ja joillakin teleosteilla. Proteolyysin ja aminohappokatabolian nopeuden vähentäminen, mikä johtaa ammoniakkituotannon vähenemiseen, voi olla toinen strategia ammoniakkitoksisuuden vähentämiseksi. Sääkala haihduttaa NH3:a, ja mutasärkijä, P. schlosseri, käyttää vielä toista ainutlaatuista strategiaa, se pumppaa aktiivisesti NH4+:a ulos elimistöstä.