Vuonna 1967 Lynn (Sagan) Margulis esitti, että mitokondriot, fotosynteettiset plastidit ja säikeet olivat prokaryoottien hankkimia, ja että ne kehittyivät symbioottisesti muodostaen anaerobisia bakteereja, fotosynteettisiä bakteereja ja lopulta leviä. Vaikka suurin osa tästä teoriasta on nykyään hyvin hyväksytty, hypoteesi, jonka mukaan endosymbioottiset spirokeetat kehittyivät eukaryoottisiksi flagelloiksi ja cilioiksi, ja sitä seuranneet ehdotukset muiden eukaryoottisten organellien, kuten peroksisomien, glyoksisomien jne. endosymbioottisesta alkuperästä eivät ole saaneet paljon hyväksyntää, koska todisteet viittaavat siihen, että niillä ei ole genomia eivätkä ne osoita ultrarakenteellisia yhtäläisyyksiä bakteereihin tai arkkileihin. Viime aikoina on kuitenkin esitetty ajatus siitä, että vuosituhansien kuluessa mitokondriot, plastidit, prokaryoottiset ja eukaryoottiset solut ja jopa flagellat ja peroksisomit ovat joko ensisijaisina tai toissijaisina endosymbionteina siirtäneet osan tai koko oman DNA:nsa isäntäsolujen ytimeen prosessin kautta, jota kutsutaan endogenosymbioosiksi (eli symbioottinen geeninsiirto, kuten endosymbionttien DNA:n sisäistäminen ja sen siirtyminen sivuttaissuunnassa). Tämä endogenosymbioosi voisi tapahtua siirryttäessä evolutiivisesti Margulisin mainitsemasta symbioottisesta vuorovaikutusyhteisöstä täysin integroituneeseen (joko prokaryoottiseen tai eukaryoottiseen) soluun. Tämä prosessi voisi selittää puuttuvat todisteet DNA:n läsnäolosta lippuloissa ja peroksisomeissa, joiden esi-isät endosymbionteina ovat pitkän endogenosymbioottisen evoluution aikana voineet siirtää koko genominsa isäntäsoluun, joka on sittemmin integroinut sen omaan genomiinsa ja kontrolloinut suoraan sen ilmentymistä. Lisäksi endogenosymbioosihypoteesi voisi olla selitys siirtymiselle RNA-maailmasta DNA-maailmaan ja joihinkin tapauksiin, joissa on tapahtunut todellista sympatrista lajien evoluutiota, jota ei ilmeisesti voida selittää kanonisilla lajinmuodostusprosesseilla. Endogenosymbioosin teoreettisen perustan esittelyn ja empiiristä vahvistavaa todistusaineistoa koskevan keskustelun jälkeen esittelen tässä graafisen yhteenvedon tämän ja aiempien endosymbioositeorioiden välisestä integraatiosta. Seriaalinen endosymbioositeoria ja sekundaarinen endosymbioositeoria yhdistetään endogenosymbioositeoriaan yhtenäiseksi symbioositeoriaksi (Unified Symbiogenetic Theory, UST).