Miniatyyrimäyräkoiria on normaalikokoisten lajitovereidensa tapaan kolmea eri turkkia: sileäkarvainen, pitkäkarvainen ja lankakarvainen. Niitä on myös monenlaisia värejä ja kuvioita: punaisia, kermanvärisiä, mustaruskeita, sinaruskeita, suklaaruskeita sekä isabellaruskeita. Mäyräkoirilla tavattavia karvamalleja ovat brindle, dapple (tai merle), piebald ja sable. Miniatyyrimäyräkoirien tyypillinen paino on Yhdysvalloissa 8-11 kiloa. Ne ovat myös tavallisesti 5-7 tuumaa säkäkorkeudeltaan.
Miniatyyritaksi on matalalla, pitkärunkoisia ja lyhytjalkaisia, ja niillä on voimakas lihaskehitys. Siellä missä lihakset supistuvat, kääpiömäntäkoiran iho on kimmoisa ja taipuisa ilman liiallista ryppyisyyttä. Kääpiömäyräkoiran liikuntakyky ei näytä rampautuneelta, kömpelöltä eikä ahtaalta, vaan se on tasapainoinen, ja sillä on rohkea ja itsevarma pään asento ja älykäs, valpas ilme. Terävä kuono antaa niille useimpiin muihin rotuihin verrattuna etulyöntiaseman jäljestämisessä.
Yhdysvalloissa, Isossa-Britanniassa ja useimmissa englanninkielisissä maissa on vain yhden kokoisia kääpiömakkaroita. Saksassa ja niissä maissa, jotka kuuluvat Fédération Cynologique Internationaleen (World Canine Federation), on kuitenkin itse asiassa kaksi pienikokoista mäyräkoiraa: miniatyyrimäyräkoira (zwerg) ja kani (kaninchen). Kaninchenit ovat pienempiä kuin FCI:n miniatyyrimäyräkoirat, ja nämä kaksi kokoa erotetaan toisistaan pikemminkin rinnan ympärysmitan kuin painon perusteella.