Fort Jefferson sijaitsee Dry Tortugasissa, joka on ryhmä pieniä saaria Meksikonlahdella. Vain 70 mailia länteen Key Westistä, Floridasta, se on läntisen pallonpuoliskon suurin muurattu rakennus. Fort Jefferson, joka on nimetty Yhdysvaltain kolmannen presidentin mukaan, suunniteltiin alun perin palvelemaan armeijaa suojelemalla Floridan rannikkoa.
Linnoituksen rakentaminen alkoi vuonna 1846, ja vaikka se koostuu yli 16 miljoonasta tiilestä, Fort Jeffersonia pidetään yhä keskeneräisenä linnoituksena. Valtavaksi tykkialustaksi suunnitellun linnakkeen piti olla jatkuvasti raskaasti aseistettu ja vartioitu, ja sen piti pystyä tuhoamaan kaikki vihollisalukset, jotka pääsisivät petollisten koralliriuttojen läpi törmäämättä ja uppoamatta.
Sisällissodan aikana liittovaltion hallitus päätti käyttää Jeffersonin linnaketta vankilana, vaikka linnake oli vielä rakenteilla. Ei kestänyt kauan, ennen kuin sinne tuotiin unionin armeijan rikollisia, jotka tuomittiin alueelle, joka tuli tunnetuksi nimellä Devil’s Island. Fort Jeffersoniin lähettämistä pidettiin kuolemaa pahempana kohtalona. Se merkitsi kovaa työtä paahtavassa auringossa, hyvin vähäistä ruokaa ja makean veden puutetta. Se merkitsi myös hyttysparvien, lutikoiden, vaarallisten sääolosuhteiden, julmien vartijoiden, malarian ja keltakuumeen kohtaamista sekä pallon ja ketjun pitämistä yötä päivää työskennellessään valtavan tiilirakennuksen rakentamiseksi. Vaikka suurin osa Fort Jeffersonissa olleista vangeista oli sotilaita, sinne tuotiin sisällissodan huippuvaiheessa myös useita siviilivankeja. Fortin kuuluisin tai ehkä pahamaineisin asukas oli tohtori Samuel Mudd, joka tuomittiin osana salaliittoa presidentti Abraham Lincolnin salamurhan toteuttamiseksi.
Tänä päivänä tuhannet ihmiset matkustavat lautalla tai vesilentokoneella kiertämään Fort Jeffersonin historiallista aluetta. He tulevat katsomaan vaikuttavia rihlattuihin Parrot-tykkeihin ja jäljellä oleviin kuuteen vain kahdestakymmenestäviidestä 25-tonnisesta Rodman-tykistä. Vieraat kävelevät mielellään mahtavan linnakkeen muurien sisäpuolella, jossa Konfederaation armeijan sotilaat, upseerit ja heidän perheensä asuivat vankien, orjien ja siviilityöntekijöiden rinnalla.
Tammikuun 4. päivänä 1935 presidentti Franklin D. Roosevelt nimesi linnakkeen Fort Jeffersonin kansallismonumentiksi, ja se sisällytettiin historiallisiin kohteisiin liittyvään kansalliseen rekisteriin vuonna 1970. Lokakuussa 1992 Fort Jefferson ja Dry Tortugas -alueet perustettiin kansallispuistoksi.