Le Honduras occupe une superficie de 112 492 km² (43 433 mi²) en Amérique centrale. Comme on peut l’observer sur la carte physique du Honduras, le pays compte trois grandes régions topographiques. Il s’agit d’un vaste plateau intérieur composé de collines et de montagnes qui dominent le paysage ; les basses terres des Caraïbes et les basses terres du Pacifique- frangeant le golfe de Fonseca.
Les collines intérieures boisées et les montagnes de la Sierra Madre sont sillonnées par une grande série de rivières et de larges vallées fertiles ; bordées de plages de sable. Le Cerro Las Minas, haut de 2 870 m, situé dans la partie occidentale du pays, est le point culminant du Honduras.
Les basses terres des Caraïbes s’étendent sur tout son littoral nord, et là, au nord-est, comme indiqué sur la carte, la côte des moustiques est une large étendue inhabitée de jungle épaisse, de lagons et de mangroves.
Les basses terres du Pacifique entourent le golfe de Fonseca, et ces terres deviennent également quelque peu marécageuses près de la côte. Le pays compte de nombreuses cayes et îles dans la mer des Caraïbes, notamment l’Isla de la Bahia (îles de la baie), les minuscules Cayos Cocinos (îles du porc) et les lointaines îles Swan. Quelques îles volcaniques longtemps endormies se dressent dans le golfe de Fonseca, notamment Tigre et Zacate.
Le Honduras est riche en eau ; les rivières les plus importantes sont l’Aquan, le Coco, le Patuca, le Sico et l’Ulua ; le lac Yojoa est le seul lac important, et la lagune Caratasca, au nord-est, est la plus grande des nombreuses lagunes côtières.