A SMART két különböző üzemmódban használható: normál vagy genomikus.A fő különbség a használt fehérje adatbázisban van. Normál SMART esetén az adatbázis Swiss-Prot, SP-TrEMBL és stabil Ensembl proteomokat tartalmaz. A Genomic SMART-ban csak a teljesen szekvenált genomok proteomjai kerülnek felhasználásra; a metazoák esetében az Ensembl, a többi esetében pedig a Swiss-Prot. A Genomic SMART genomok teljes listája itt érhető el.
A Normal SMART fehérjeadatbázisa jelentős redundanciával rendelkezik, még akkor is, ha az azonos fehérjéket eltávolítjuk. Ha a SMART-ot domainarchitektúrák feltárására használja, vagy pontos domainszámokat szeretne találni különböző genomokban, fontolja meg a Genomic módra való átállást. A domain-annotációs oldalakon szereplő számok pontosabbak lesznek, és az architektúra-lekérdezés eredményeiben nem lesz sok, ugyanannak a génnek megfelelő fehérjefragmentum. Ne feledje azonban, hogy a genomok korlátozott halmazát vizsgálja.
A különböző színsémák segítségével könnyen azonosítható, hogy melyik módban van.
| Normál mód | Genomikus mód |
 |
 |
A fenti képekre kattintva kiválaszthatja az alapértelmezett módot.
A kiválasztott módra vonatkozó információkat a böngésző cookie-ja tárolja. Ha bármilyen okból nem akarja/nem tudja használni a cookie-kat, ezen az oldalon keresztül lépjen be a SMART-ba.