SMARTはnormalとgenomicの2種類のモードで使用することができます。 Normal SMARTでは、Swiss-Prot、SP-TrEMBL、stable Ensemblプロテオームがデータベースに含まれます。 Genomic SMARTでは、完全に配列が決定されたゲノムのプロテオームのみが使用され、多細胞動物はEnsembl、それ以外はSwiss-Protが使用されています。 7105>
Normal SMARTのタンパク質データベースは、同一タンパク質を削除しても、かなりの冗長性を持っています。 SMART を使ってドメイン構造を調べる場合や、様々なゲノムの正確なドメイン数を調べたい場合は、Genomic モードへの切り替えを検討してください。 ドメインアノテーションページの数値はより正確になり、アーキテクチャクエリの結果に同じ遺伝子に対応するタンパク質断片が多く含まれることはありません。 しかし、限られたゲノムを探索していることを忘れないでください。
異なる配色は、今いるモードを簡単に識別するために使用されています。
| Normal mode | Genomic mode |
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上の画像をクリックしてデフォルトモードを選択。
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