Você pode usar o SMART em dois modos diferentes: normal ou genômico. A principal diferença está na base de dados de proteínas subjacentes usadas. Em Normal SMART, a base de dados contém as proteínas Swiss-Prot, SP-TrEMBL e Ensembl proteomes estáveis. Em Genomic SMART, apenas os proteomas dos genomas completamente sequenciados são usados; Ensembl para os metazoários e Swiss-Prot para os restantes. A lista completa de genomas em Genomic SMART está disponível aqui.
O banco de dados de proteínas em Normal SMART tem uma redundância significativa, mesmo que proteínas idênticas sejam removidas. Se você usa SMART para explorar arquiteturas de domínio, ou quer encontrar contagens exatas de domínio em vários genomas, considere mudar para o modo Genômico. Os números nas páginas de anotação de domínio serão mais precisos, e não haverá muitos fragmentos de proteínas correspondentes ao mesmo gene nos resultados da consulta de arquitetura. Lembre-se que você está explorando um conjunto limitado de genomas, embora.
Diferentes esquemas de cores sejam usados para identificar facilmente o modo em que você está.
| Modo normal | Modo genómico |
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