1967-ben Lynn (Sagan) Margulis azt javasolta, hogy a mitokondriumokat, a fotoszintetikus plasztidokat és a csillókat prokarióták szerezték meg, és szimbiózis útján fejlődtek anaerob baktériumok, fotoszintetikus baktériumok és végül algák kialakulásához. Bár ennek az elméletnek a nagy része ma már elfogadott, az a hipotézis, hogy az endoszimbionta spirochaetákból eukarióta flagellák és csillók fejlődtek ki, és az ezt követő javaslatok más eukarióta organellumok, például a peroxiszómák, glikoxiszómák stb. endoszimbionta eredetéről nem nyertek nagy elfogadást, mivel a bizonyítékok szerint ezek nem rendelkeznek genommal, és nem mutatnak ultrastrukturális hasonlóságot a baktériumokkal vagy az archaea-val. Mindazonáltal a közelmúltban felmerült az az elképzelés, hogy a mitokondriumok, a plasztidok, a prokarióta és eukarióta sejtek, sőt a flagellák és a peroxiszómák is évezredek során elsődleges vagy másodlagos endoszimbiontaként saját DNS-ük egy részét vagy egészét egy “endogenoszimbiózisnak” nevezett folyamat révén (azaz szimbiontikus génátvitel, például az endoszimbionta DNS-ének internalizációja laterális átvitellel) a gazdasejt magjába juttatták. Ez az endogénszimbiózis a Margulis által megidézett szimbiózis kölcsönhatásban lévő közösségből a teljesen integrált (prokarióta vagy eukarióta) sejtbe való evolúciós átmenet során játszódhat le. Ez a folyamat megmagyarázná a DNS jelenlétének hiányzó bizonyítékait a flagellákban és a peroxiszómákban, amelyek őseinek endoszimbiontái a hosszú endogénszimbiózis evolúció során átadhatták teljes genomjukat a gazdasejtnek, amely ezt követően integrálta azt a saját genomjába, közvetlenül irányítva annak kifejeződését. Az endogenoszimbiózis hipotézis lehet továbbá a magyarázata az RNS-világból a DNS-világba való átmenetnek és a fajok valódi szimpatikus evolúciójának egyes, a kanonikus fajképződési folyamatokkal látszólag megmagyarázhatatlan eseteinek. Az endogénszimbiózis elméleti alapjainak bemutatása és az empirikusan megerősítő bizonyítékok tárgyalása után itt egy grafikus összefoglalót mutatok be az endogénszimbiózis és a korábbi endoszimbiózis-elméletek közötti integrációról. A soros endoszimbiózis elmélet és a másodlagos endoszimbiózis elmélet az endogénszimbiózis elmélettel egy egységes szimbiózis elméletben (Unified Symbiogenetic Theory, UST) egyesül.