Szekvenciák

author
1 minute, 9 seconds Read

Ez a rész alapértelmezés szerint a fehérje kanonikus szekvenciáját, kérésre pedig a bejegyzésben leírt összes izoformát megjeleníti. Tartalmazza továbbá a szekvencia(k)ra vonatkozó információkat, beleértve a hosszúságot és a molekulatömeget.

A megjelenített fehérjeszekvencia alapértelmezés szerint az a fehérjeszekvencia, amelyre minden pozicionális megjegyzés vonatkozik. Ezt nevezzük “kanonikus” szekvenciának.

A hivatalos IUPAC egybetűs aminosav kódot használjuk. A szelenocisztein (Sec; U) és a pirrolizin (Pyl; O) aminosavak esetében a javasolt nómenklatúrát követjük.

Minden izoforma esetében megadjuk az izoforma nevét, valamint hosszát és molekulatömegét Daltonban. A tömeget a teljes szekvencia aminosavösszetétele alapján számoltuk ki. Nem veszi figyelembe a PTM-eket, így kizárja a proteolitikus feldolgozást.

A megjelenített szekvencia ellenőrző összegét is megadjuk. Az ellenőrző összeg jelenleg egy 64 bites CRC (Cyclic Redundancy Check) érték (“CRC64”), amely az ISO 3309 szabványban leírt algoritmuson alapul. A használt generátor polinom az x64 + x4 + x3 + x + 1 (lásd a hivatkozást). Bár elméletileg két különböző szekvenciának lehet ugyanaz a CRC64-értéke, ennek a valószínűsége rendkívül kicsi.

Similar Posts

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.