1542年12月8日に西ロジアンのリンリスゴー宮殿で生まれ、生後6日でスコットランド女王となる。
彼女のイングランド王位への継承権は、スコットランド王位への継承権とほぼ同じ強さであった。 イングランドのヘンリー7世の曾孫娘であるメアリーは、ヘンリー8世の子供たちの次にイングランド王位につくことができた。
彼女の若さと性別を考慮して、スコットランドの貴族たちはイングランドと和解しなければならないと判断し、彼女がヘンリー8世の息子、後のエドワード6世と結婚することに同意したのである。
しかし、条約が結ばれるやいなや、この計画に反対するカトリック教徒が若いメアリーをスターリング城に連れて行き、ヘンリーの怒りをかって結婚を破棄し、スコットランドとフランスとの従来の同盟関係に戻そうとした。
そこでヘンリーは、’The Rough Wooing’として知られるスコットランドへの野蛮な一連の襲撃を命じた。 彼の軍隊はジェームズ5世が埋葬されているホリルードハウス修道院に火を放ち、トゥイード渓谷の作物を焼き、メルローズ、ジェドバーグ、ドライバーグのボーダー修道院に火を放つなどしている。
それでもなお、スコットランド人は1548年にメアリーとフランス王アンリ2世の嫡男フランシス王太子を婚約させ、彼女をフランス宮廷で養育するように仕向けた。
背が高く、優雅で頭の回転が速いメアリーは、1558年4月24日、パリで王太子と結婚した。 彼は1559年に父の王位を継承し、メアリーはフランスとスコットランドの女王となったが、1560年に耳の感染症で死亡したため、その治世は短かった。
翌年、友人たちの警告にもかかわらず、メアリーはジョン・ノックスによる宗教改革の結果、公式にプロテスタントとなったスコットランドに戻ることを決意する。
彼女はローマカトリック教徒であったが、異母兄のジェームズ・スチュワート卿（後のモレー伯爵）は、彼女が望むように礼拝することが許されると保証し、1561年8月に帰国すると、プロテスタントの国民は予想外に暖かい歓迎を受けた。 しかし、1565年に2番目のいとこであるヘンリー・ダーンリー卿（ヘンリー7世のひ孫）と結婚すると、スコットランドの貴族たちの内紛により、悲劇的な出来事が続出する。
甘やかされて育ったダーンリーは、メアリーの敵の道具となり、1566年3月9日にホリールードハウス宮殿内で、陰謀家たちと一緒に夕食の部屋に押し入り、身重の女王を脅し、彼女の秘書、デビッド・リッチオを殺害してしまったのである。
その夏、メアリーとダーンリーの息子ジェームズが誕生したが、二人の関係は改善されず、1567年2月10日にダーンリーがエディンバラの壁のすぐ外にあるカーク・オ・フィールドで殺されると、人々は彼女が犯罪に関与しているのではないかと疑った。 プロテスタントの領主たちは彼女に反抗し、彼女の軍は1567年6月15日にエディンバラ近郊のカーベリーヒルで領主たちと対決した。
彼女は降伏し、キンロス・シャーのロクレーブン城に幽閉され、幼い息子のために退位することを余儀なくされた。 1568年、メアリーはロッホルベン城を脱出するが、5月13日、グラスゴー近郊のラングサイドの戦いで敗退する。 南へ逃れた彼女は、エリザベス1世が支持してくれると信じてイングランドに避難したが、代わりに19年間イングランドで監禁されることになった。
エリザベスに対するローマ・カトリックの一連の長い陰謀は、イギリス女王を暗殺するバビントン計画で頂点に達し、エリザベスの大臣たちは「彼女の中に生命がある限り、希望があり、彼らが希望の中に生きるように、我々は恐怖の中に生きる」とメリーの処刑を要求するようになった。
メアリーは1587年2月8日、ノーサンプトンシャーのフォザリンゲイ城で44歳の若さでついに処刑された。
彼女はピーターバラ大聖堂に埋葬されたが、1612年に息子のジェームズ6世と私が彼女の遺体を掘り起こし、ウェストミンスター寺院のヘンリー7世礼拝堂の丸天井に安置させた。