El apareamiento de los pájaros es un proceso intrincado y a menudo también puede fracasar.
Las razones pueden ser diferentes porque los pájaros deben leer los deseos del otro en los ojos o concluirlos por el comportamiento. Así, puede producirse una falta de entendimiento entre los sexos y, en algunos casos, una hembra irritada por el comportamiento de su compañero puede incluso volverse agresiva. En algunas especies el macho intenta conseguir el consentimiento para el apareamiento llevando regalos, pero como todos hemos notado, las aves no se tocan antes de los momentos de la cópula real. Esto puede ser, en opinión de los científicos, la razón por la que las aves deben aparearse varias veces para fecundar un solo huevo.
La mayoría de las aves macho carecen de un órgano como el pene. En el apareamiento el macho salta, pero a veces también desciende del vuelo, a la espalda de la hembra. Si ella, por ejemplo, tira de su cola hacia la derecha, el macho, mientras mantiene el equilibrio con las alas abiertas, puede girar la parte posterior de su cuerpo desde la izquierda hasta debajo de la cola de la hembra.
Los pájaros extienden y aplanan las plumas que rodean su recto, o cloaca, y las presionan fuertemente contra las del otro. Los conductos eyaculatorios del macho que se encuentran en la parte superior de la cloaca se situarán así directamente sobre los órganos reproductores de la hembra. En las hembras generalmente sólo se ha desarrollado el oviducto o la trompa de Falopio izquierda, pero se ha desarrollado una cámara que puede contener el líquido seminal del macho. La cópula parece un breve movimiento de masaje que puede durar uno o dos segundos.
Algunas de las aves más grandes que viven en Estonia, como la grulla, tienen un órgano rudimentario parecido a un pene y los gansos tienen incluso signos difusos de un clítoris. La disposición de los órganos reproductores de las aves acuáticas probablemente les permite incluso aparearse en el agua
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