In 1967 stelde Lynn (Sagan) Margulis voor dat mitochondriën, fotosynthetische plastiden en trilharen verworven prokaryoten waren en symbiotisch evolueerden om anaërobe bacteriën, fotosynthetische bacteriën en uiteindelijk algen te vormen. Hoewel het grootste deel van deze theorie thans goed wordt aanvaard, hebben de hypothese dat endosymbiotische spirochaeten zich ontwikkelden tot eukaryote flagellen en trilharen, en de daaropvolgende voorstellen van een endosymbiotische oorsprong van andere eukaryote organellen zoals peroxisomen, glyoxysomen, enz. niet veel ingang gevonden, omdat er aanwijzingen zijn dat zij geen genoom hebben en geen ultrastructurele gelijkenissen vertonen met bacteriën of archaea. Niettemin is onlangs het idee geopperd dat in de loop van millennia mitochondriën, plastiden, prokaryotische en eukaryotische cellen en zelfs flagella en peroxisomen, als primaire of secundaire endosymbionten, sommige of al hun eigen DNA hebben overgedragen naar de kern van de gastheercel via een proces dat “endogenosymbiose” wordt genoemd (d.w.z. een symbiotische genoverdracht, zoals de internalisatie van het DNA van de endosymbiont met laterale overdracht). Deze endogenosymbiose zou kunnen plaatsvinden tijdens de evolutionaire overgang van de symbiotisch interagerende gemeenschap, waarop Margulis zich beroept, naar een volledig geïntegreerde (hetzij prokaryotische, hetzij eukaryotische) cel. Dit proces zou het ontbrekende bewijs kunnen verklaren van de aanwezigheid van DNA in flagellen en peroxisomen waarvan de voorouder endosymbionten, tijdens de lange endogenosymbiotische evolutie, hun volledige genoom zouden kunnen hebben overgedragen aan de gastheercel die het vervolgens integreerde in zijn eigen genoom, en de expressie ervan rechtstreeks controleerde. Bovendien zou de endogenosymbiose-hypothese een verklaring kunnen zijn voor de overgang van een RNA- naar een DNA-wereld en voor sommige gevallen van echte sympatrische evolutie van soorten, die schijnbaar onverklaarbaar zijn door de canonieke speciatieprocessen. Hier, na een inleiding tot de theoretische basis van endogenosymbiose en een bespreking van het empirisch bevestigend bewijs, toon ik een grafische samenvatting van de integratie tussen deze en de vroegere endosymbiose theorieën. De Seriële Endosymbiose Theorie en de Secundaire Endosymbiose worden samengevoegd met de Endogenosymbiose Theorie in een Unified Symbiogenetic Theory (UST).