Fort Jefferson ligt in de Dry Tortugas, een groep kleine eilanden in de Golf van Mexico. Het ligt slechts 70 mijl ten westen van Key West, Florida, en is het grootste gemetselde bouwwerk op het westelijk halfrond. Fort Jefferson, dat werd genoemd naar de derde president van de Verenigde Staten, werd oorspronkelijk ontworpen om het leger te dienen door de kustlijn van Florida te beschermen.
De bouw van het fort begon in 1846 en hoewel het uit meer dan 16 miljoen bakstenen bestaat, wordt Fort Jefferson nog steeds beschouwd als een onvoltooid fort. Het fort was ontworpen als een immens kanonnenplatform en moest te allen tijde zwaar bewapend en bewaakt worden met het vermogen vijandelijke schepen te vernietigen die het door de verraderlijke koraalriffen wisten te schoppen zonder neer te storten en te zinken.
Tijdens de Burgeroorlog besloot de federale regering Fort Jefferson als gevangenis te gebruiken, ook al was het fort nog in aanbouw. Het duurde niet lang voordat misdadigers van het leger van de Unie erheen werden gebracht, veroordeeld tot wat bekend werd als Duivelseiland. Naar Fort Jefferson gestuurd worden werd beschouwd als een lot erger dan de dood. Het betekende hard werken in de brandende zon, heel weinig eten en een schaarste aan vers water. Het betekende ook zwermen muggen, bedwantsen, gevaarlijke weersomstandigheden, wrede bewakers, aanvallen van malaria en gele koorts en het dragen van een bal en ketting terwijl dag en nacht werd gewerkt aan de bouw van het enorme bakstenen gebouw. Hoewel de meeste gevangenen in Fort Jefferson militairen waren, werden er tijdens het hoogtepunt van de Burgeroorlog ook een aantal burgergevangenen naartoe gebracht. De beroemdste, of misschien wel beruchtste bewoner van het fort was Dr. Samuel Mudd, die werd veroordeeld als onderdeel van de samenzwering om President Abraham Lincoln te vermoorden.
Tot op de dag van vandaag reizen duizenden mensen per veerboot of watervliegtuig om het historische terrein van Fort Jefferson te bezichtigen. Ze komen om de indrukwekkende geweerlopen van de Parrot kanonnen te zien en de resterende zes van de slechts vijfentwintig Rodman kanonnen van 25 ton die nog bestaan. De gasten genieten van een wandeling binnen de muren van het imposante fort, een plaats waar soldaten van het confederale leger, officieren en hun gezinnen leefden naast gevangenen, slaven en burgerarbeiders.
Op 4 januari 1935 wees president Franklin D. Roosevelt het fort aan als Fort Jefferson National Monument, en in 1970 werd het opgenomen in het National Register of Historic Places. In oktober 1992 werden Fort Jefferson en de Dry Tortugas uitgeroepen tot Nationaal Park.