Miasto Clovis rozpoczęło swoją działalność jako przystanek towarowy wzdłuż linii kolejowej San Joaquin Valley Railroad. Zorganizowana 15 stycznia 1890 r. przez biznesmenów z Fresno: Thomasa E. Hughesa, Fultona Berry’ego, Gilberta R. Osmuna, H.D. Colsona, Johna D. Graya i Williama M. Williamsa, we współpracy z Marcusem Pollasky, spekulantem kolejowym z Michigan, SJVRR rozpoczęła budowę we Fresno 4 lipca 1891 r. i dotarła do pól uprawnych Clovis M. Cole’a i George’a Owena w październiku tego samego roku. Kolej zakupiła prawo drogi od obu farmerów, po połowie od każdego z nich – po stronie wschodniej od Cole’a, a po zachodniej od Owena – i poprowadziła tory wzdłuż granicy między tymi dwoma nieruchomościami. Kolej zgodziła się założyć stację po zachodniej stronie torów i nazwać ją „Clovis”. Stacja Clovis, który został nazwany na cześć Clovis Cole, został umieszczony na Owen stronie toru.
Cole i Owen później sprzedał ziemię do Marcus Pollasky do rozwoju townsite. Inżynier budowlany z Fresno Ingvart Tielman sporządził mapę miasteczka w imieniu Pollasky’ego 29 grudnia 1891 roku. W pierwotnym miasteczku znajdowały się ulice nazwane na cześć oficerów i głównych inwestorów kolei: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun i (O. D.) Baron. Miasto, nazwane „Clovis” po Clovis Station przez Pollasky’ego, zostało położone na tym, co pierwotnie było ziemią Owena.
Kolej została ukończona aż do miasta Hamptonville (obecnie Friant) na brzegu rzeki San Joaquin, zaledwie 26 mil (42 km) od jej punktu wyjścia we Fresno. Statut korporacji San Joaquin Valley Railroad wskazuje, że korporacja zamierzała zbudować 100 mil torów, w tym bocznice i odgałęzienia, przez tereny rolnicze na wschód od Fresno, a następnie na północ do zasobów drewna i minerałów na przedgórzu Sierra. W tym czasie Hamptonville było nazywane „Pollasky”. W środę przed Świętem Dziękczynienia 1891 roku na stacji końcowej Pollasky odbyła się uroczystość zakończenia układania torów, w której wzięło udział 3000 mieszkańców Fresno. Kolej rozpoczęła oficjalną działalność w styczniu 1892 roku.
Pierwszy rok działalności kolei zbiegł się z początkami głębokiego krajowego upadku gospodarczego. Rolnicy nie byli w stanie uzyskać rentownego zwrotu z ich upraw, banki i koleje nie powiodło się w całym kraju. SJVRR nie była w stanie wygenerować wystarczających przychodów, aby spłacić swój dług, została wydzierżawiona Southern Pacific Railroad, a następnie kupiona przez SPRR w 1893 roku. Poprzez zmniejszenie harmonogramu pracy kolei i przycinanie kosztów, Southern Pacific był w stanie osiągnąć niewielki zysk w pierwszych latach po przejęciu.
W tym samym czasie, że kolej była planowana, grupa drwali z Michigan zaczęła nabywać tysiące akrów drewna w Sierra Nevada około 75 mil na północny wschód od Fresno. Zbudowano tamę na Stevenson Creek, aby stworzyć jezioro, które umożliwiłoby im transport świeżo ściętego drewna do młyna obok jeziora. Następnie zbudowano 42-milowy (68 km), wysoki na 7,6 m (25 stóp) kanał w kształcie litery V, który zaczynał się u podnóża tamy. Po pocięciu tarcicy w młynie, ładowano ją do koryta i napędzano wodą do strugarni na wschód od stacji kolejowej Clovis, gdzie dziś znajduje się Clovis Rodeo i Clark Intermediate School. Tartak i stocznia miały własną sieć szyn, aby przenieść tarcicę wokół stoczni i połączyć się z SJVRR tylko na południe od stacji Clovis.
Zakończenie w 1894 r. tartaku i rozpoczęcie operacji młyna dało impuls do dalszego rozwoju obszaru wokół stacji Clovis. Miasto zaczęło nabierać kształtów, gdy pracownicy tartaku budowali domy w pobliżu miejsca pracy. Konieczne stały się firmy usługowe, kościoły i szkoły, a miasto zaczęło się rozwijać. Pierwszy urząd pocztowy w Clovis został otwarty w 1895 roku. Artykuł w gazecie z 1896 roku opisuje miasto jako posiadające populację zbliżającą się do 500 obywateli.
Clovis zostało włączone jako miasto w lutym 1912 roku. Główne ulice w centrum miasta zostały nazwane na cześć urzędników kolejowych. Fulton Street została później nazwana Front Street, a następnie Main Street i jest teraz Clovis Avenue.
Tartak spłonął w 1914 roku i nie został odbudowany. Tereny są teraz zajęte przez Clark Intermediate School i Clovis Rodeo Grounds. Clovis ma długą historię jako miasteczko westernowe znane z hasła „Clovis – A Way of Life”. Od 1914 roku, Clovis Rodeo odbywa się w ostatni weekend kwietnia, z paradą w sobotę rano, a następnie rodeo tego samego popołudnia i cały dzień w niedzielę. Również przyczyniając się do „Clovis sposób życia” są liczne festiwale uliczne, w tym Big Hat Days, ClovisFest, i cotygodniowy piątek Night Farmer’s Market odbywa się od połowy maja do połowy września każdego roku.
Ostatnia zachowana struktura zbudowana przez kolej jest zajezdnia teraz znajduje się w pobliżu miejsca oryginalnego Clovis Station. Najwcześniejsze zdjęcia, z około 1910 roku, pokazują zajezdnię znajdującą się przed winiarnią Tarpey, na południe od skrzyżowania ulic Ashlan i Clovis Avenues. W 1999 roku został przeniesiony do obecnej lokalizacji w centrum miasta, na północno-wschodnim rogu Clovis Avenue i Fourth Street, i został przywrócony przez Clovis Big Dry Creek Historical Society z finansowania, pracy i materiałów przekazanych przez lokalne firmy i wykonawców.
Marcus Pollasky był prawnikiem, urodzony w Michigan, mieszkający w Chicago tuż przed przybyciem do Fresno. Przez całe swoje życie próbował stworzyć kilka projektów podobnych do SJVRR, w tym projekty w Eureka, Kalifornii, Wirginii, Michigan i Oklahomie. Niewiele z nich udało się zbudować. W 1896 roku Pollasky pozwał Collisa P. Huntingtona do sądu w Los Angeles za pieniądze, które stracił we Fresno, „będąc zaangażowanym we wspólne przedsięwzięcie z pozwanym Huntingtonem”. Od dawna spekulowano, że Pollasky był agentem Southern Pacific, a ten garnitur „joint venture” wydaje się potwierdzać ten punkt.
Wiele budynków w rdzeniu miasta zostało odnowionych. Starsze witryny sklepowe na Clovis Avenue, głównej ulicy biegnącej przez miasto, zostały odrestaurowane, a nowe budynki zostały zaprojektowane z fasadami, które przypominają te z początku XX wieku. Historyczne centrum odrodziło się jako „Old Town Clovis”.