Over 123 gatunki fauny słodkowodnej wyginęły w Ameryce Północnej od 1900 roku. Spośród północnoamerykańskich gatunków słodkowodnych, około 48,5% małży, 22,8% ślimaków, 32,7% raków, 25,9% płazów i 21,2% ryb jest zagrożonych lub zagrożonych. Wskaźniki wymierania wielu gatunków mogą znacznie wzrosnąć w przyszłym stuleciu z powodu gatunków inwazyjnych, utraty gatunków kluczowych oraz gatunków, które już funkcjonalnie wymarły (np. gatunków, które się nie rozmnażają). Nawet przy zastosowaniu ostrożnych szacunków, wskaźniki wymierania ryb słodkowodnych w Ameryce Północnej są 877 razy wyższe niż wskaźniki wymierania tła (1 na 3 000 000 lat). Przewidywane wskaźniki wymierania zwierząt słodkowodnych są około pięć razy większe niż zwierząt lądowych i są porównywalne z wskaźnikami dla zbiorowisk lasów deszczowych. Biorąc pod uwagę fatalny stan bioróżnorodności słodkowodnej, zespół naukowców i praktyków z całego świata opracował niedawno plan działań nadzwyczajnych, aby spróbować przywrócić bioróżnorodność słodkowodną.
BioObecne techniki biomonitoringu wód słodkich koncentrują się głównie na strukturze społeczności, ale niektóre programy mierzą wskaźniki funkcjonalne, takie jak biochemiczne (lub biologiczne) zapotrzebowanie na tlen, zapotrzebowanie na tlen osadów i tlen rozpuszczony. Struktura zbiorowiska makrobezkręgowców jest powszechnie monitorowana ze względu na różnorodność taksonomiczną, łatwość zbierania, wrażliwość na szereg czynników stresogennych i ogólną wartość dla ekosystemu. Dodatkowo, struktura zbiorowiska glonów (często z wykorzystaniem okrzemków) jest mierzona w programach biomonitoringu. Glony są również zróżnicowane taksonomicznie, łatwe do zebrania, wrażliwe na szereg czynników stresogennych i ogólnie cenne dla ekosystemu. Glony rosną bardzo szybko, a zbiorowiska mogą reprezentować szybkie zmiany warunków środowiskowych.
Oprócz struktury zbiorowiska, reakcje na stresory słodkowodne są badane w badaniach eksperymentalnych, które mierzą zmiany w zachowaniu organizmów, zmienione tempo wzrostu, reprodukcji lub śmiertelności. Wyniki eksperymentalne na pojedynczych gatunkach w kontrolowanych warunkach nie zawsze mogą odzwierciedlać warunki naturalne i wielogatunkowe zbiorowiska.
Użycie stanowisk referencyjnych jest powszechne przy określaniu idealnego „zdrowia” ekosystemu słodkowodnego. Miejsca referencyjne mogą być wybierane przestrzennie poprzez wybór miejsc o minimalnym wpływie zaburzeń i wpływów człowieka. Jednak warunki referencyjne mogą być również ustalone czasowo poprzez wykorzystanie zachowanych wskaźników, takich jak zawory okrzemek, pyłki makrofitów, chityna owadów i łuski ryb, które mogą być wykorzystane do określenia warunków przed zakłóceniem przez człowieka na dużą skalę. Te czasowe warunki referencyjne są często łatwiejsze do odtworzenia w wodach stojących niż ruchomych, ponieważ stabilne osady mogą lepiej zachować biologiczne materiały wskaźnikowe.