Możesz używać SMART w dwóch różnych trybach: normalnym lub genomicznym.Główna różnica polega na używanej bazie danych białek. W Normal SMART, baza danych zawiera Swiss-Prot, SP-TrEMBL i stabilne proteomy Ensembl. W Genomic SMART, używane są tylko proteomy całkowicie zsekwencjonowanych genomów; Ensembl dla metazoanów i Swiss-Prot dla reszty. Pełna lista genomów w Genomic SMART jest dostępna tutaj.
Baza danych białek w Normal SMART ma znaczącą nadmiarowość, nawet jeśli identyczne białka są usuwane. Jeśli używasz SMART do badania architektury domen, lub chcesz znaleźć dokładną liczbę domen w różnych genomach, rozważ przełączenie na tryb Genomic. Liczby na stronach anotacji domen będą dokładniejsze, a w wynikach zapytania o architekturę nie będzie wielu fragmentów białek odpowiadających temu samemu genowi. Pamiętaj jednak, że badasz ograniczony zestaw genomów.
Różne schematy kolorów są używane do łatwej identyfikacji trybu, w którym się znajdujesz.
Tryb normalny | Tryb genomowy |
Kliknij na powyższe obrazki, aby wybrać swój tryb domyślny.
Informacje o wybranym trybie są przechowywane w pliku cookie przeglądarki. Jeśli z jakiegokolwiek powodu nie chcesz/nie możesz używać ciasteczek, uzyskaj dostęp do SMART poprzez tę stronę.