A cidade de Clovis começou como uma parada de carga ao longo da Estrada de Ferro San Joaquin Valley. Organizada em 15 de janeiro de 1890, pelos empresários Fresno Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H.D. Colson, John D. Gray e William M. Williams, em parceria com o especulador ferroviário Michigan Marcus Pollasky, a SJVRR começou a construção em Fresno em 4 de julho de 1891, e chegou às terras agrícolas de Clovis M. Cole e George Owen em outubro do mesmo ano. A ferrovia adquiriu o direito de passagem dos dois fazendeiros, metade de cada um – o lado leste de Cole e o lado oeste de Owen – e percorreu a linha de fronteira entre as duas propriedades. A ferrovia concordou em estabelecer uma estação no lado oeste dos trilhos e em chamá-la de “Clovis”. A estação Clovis, que recebeu o nome de Clovis Cole, foi posicionada no lado Owen da via.
Cole e Owen vendeu mais tarde um terreno a Marcus Pollasky para o desenvolvimento de uma urbanização. O engenheiro civil Fresno Ingvart Tielman mapeou o local em nome de Pollasky em 29 de dezembro de 1891. O local original da cidade apresentava ruas nomeadas para os oficiais e principais investidores da ferrovia: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, (Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun, e (O. D.) Baron. O local, chamado “Clovis” em homenagem à Estação Clovis por Pollasky, foi colocado na terra de Owen.
A ferrovia foi concluída até a cidade de Hamptonville (agora Friant), às margens do rio San Joaquin, a apenas 42 km de seu ponto de origem em Fresno. Artigos de Incorporação da Estrada de Ferro San Joaquin Valley indicam que a corporação pretendia construir 100 milhas de trilhos, incluindo ramais e esporões, através da área agrícola a leste de Fresno, depois ao norte até a madeira e os recursos minerais do sopé da Serra. Na época, Hamptonville era chamada de “Pollasky”. Na quarta-feira antes do Dia de Ação de Graças de 1891, foi realizada uma celebração da finalização da colocação da pista no terminal de Pollasky, com a presença de 3.000 Fresnans. A ferrovia começou a operar oficialmente em janeiro de 1892.
O primeiro ano de operação da ferrovia coincidiu com o início de um profundo declínio econômico nacional. Os agricultores não conseguiram obter um retorno lucrativo em suas colheitas, bancos e ferrovias falharam em todo o país. A SJVRR não foi capaz de gerar receitas suficientes para pagar a sua dívida, foi arrendada à Southern Pacific Railroad e subsequentemente comprada pela SPRR em 1893. Ao reduzir o cronograma de operação da ferrovia e os custos de corte, a Southern Pacific conseguiu obter um pequeno lucro nos primeiros anos após sua aquisição.
Na mesma época em que a ferrovia estava sendo planejada, um grupo de madeireiros de Michigan começou a adquirir milhares de acres de madeira na Sierra Nevada, cerca de 75 milhas a nordeste de Fresno. Uma barragem foi construída em Stevenson Creek para criar um lago que lhes permitiria mover madeira recém cortada para uma fábrica ao lado do lago. Em seguida, construíram uma calha em forma de V, com 68 km de altura e 7,6 m de altura, que começou ao pé da barragem. Como a madeira foi cortada em bruto no moinho, foi carregada na calha e impulsionada pela água até uma aplainadora a leste da estação ferroviária de Clovis, onde hoje se encontra o Rodeo Clovis e a Escola Intermediária Clark. A serraria e o pátio tinham sua própria rede de trilhos para mover a madeira serrada ao redor do pátio e se conectar com a SJVRR logo ao sul da estação Clovis.
A conclusão em 1894 da calha da serraria e o início das operações da serraria deram o impulso para um maior desenvolvimento da área ao redor da Estação Clovis. A cidade começou a tomar forma à medida que os empregados da madeireira construíam casas próximas ao seu emprego. Empresas de serviço, igrejas e escolas tornaram-se necessárias, e a cidade foi iniciada. A primeira estação dos correios de Clovis foi inaugurada em 1895. Um artigo de jornal de 1896 descreve a cidade como tendo uma população próxima a 500 cidadãos.
Clovis foi incorporada como uma cidade em fevereiro de 1912. As principais ruas do centro da cidade foram nomeadas para os oficiais da ferrovia. Fulton Street foi mais tarde chamada Front Street, então Main Street, e agora é Clovis Avenue.
O moinho de madeira queimada em 1914 e não foi reconstruída. O terreno é agora ocupado pela Clark Intermediate School e pelo Clovis Rodeo Grounds. Clovis tem uma longa história como uma cidade ocidental conhecida pelo seu slogan, “Clovis – A Way of Life”. Desde 1914, o Rodeio Clovis é realizado no último fim de semana de abril, com um desfile no sábado de manhã, seguido do rodeio à tarde e todo o dia de domingo. Também contribuem para o “Clovis way of life” vários festivais de rua, incluindo Big Hat Days, ClovisFest, e a feira semanal Friday Night Farmer’s Market realizada entre meados de maio e meados de setembro de cada ano.
A última estrutura sobrevivente construída pela ferrovia é um depósito agora localizado perto do local da estação Clovis original. As primeiras fotos, de cerca de 1910, mostram o depósito situado em frente à adega Tarpey ao sul da intersecção das avenidas Ashlan e Clovis. Em 1999 foi transferido para sua localização atual no centro da cidade, no canto nordeste da Avenida Clovis e Fourth Street, e foi restaurado pela Clovis Big Dry Creek Historical Society com financiamento, mão-de-obra e materiais doados por empresas locais e empreiteiros.
Marcus Pollasky era um advogado, nascido em Michigan, morando em Chicago pouco antes de vir para Fresno. Ao longo de sua vida ele tentou criar vários projetos similares ao SJVRR, incluindo projetos em Eureka, Califórnia, Virginia, Michigan, e Oklahoma. Poucos já foram realmente construídos. Em 1896, Pollasky processou Collis P. Huntington nos tribunais de Los Angeles por causa do dinheiro que ele perdeu em Fresno, “enquanto estava envolvido numa joint venture com o réu, Huntington”. Há muito tempo especula-se que Pollasky era um agente do Pacífico Sul, e este processo de “joint venture” parece provar esse ponto.
Muitos edifícios no centro da cidade foram renovados. Frentes de lojas mais antigas na Avenida Clovis, a rua principal que atravessa a cidade, foram restauradas e novos edifícios foram projetados com fachadas que se assemelham às encontradas no início do século 20. O centro histórico renasceu como “Cidade Velha Clovis”.