Os textos sagrados das religiões reveladas podem ser eternos e imutáveis, mas são compreendidos e aplicados por seres humanos que vivem no tempo. Os cristãos acreditavam não apenas que os judeus tinham entendido mal as Escrituras, justificando assim a reinterpretação cristã das Escrituras judaicas, mas que todas as Escrituras judaicas tinham que ser entendidas como contendo apenas uma verdade parcial. Toda a verdade só era compreensível quando a Escritura judaica era interpretada corretamente, no que os cristãos chamavam de uma maneira “espiritual” e não meramente “carnal”
Embora os primeiros textos cristãos e os comandos papais posteriores tivessem proibido a perseguição e a conversão forçada dos judeus, essas doutrinas foram menos cuidadosamente observadas a partir do século XI. Aclamado por uma série de pogroms tanto na Europa como no Oriente Médio, realizados no curso da Primeira Cruzada, um anti-judaísmo mais profundo e mais difundido veio a caracterizar grande parte da história européia depois de 1100. Também surgiu nesse período o que alguns historiadores chamaram de “quimérico” anti-judaísmo, a concepção do judeu não só como ignorante da verdade espiritual e teimosamente resistente à pregação cristã, mas como ativamente hostil ao cristianismo e culpado de crimes feios contra ele, tais como o assassinato ritual de crianças cristãs e a profanação da hóstia consagrada da missa. Esta forma de anti-judaismo resultou em massacres de judeus, geralmente em momentos de alta tensão social dentro das comunidades cristãs. Um dos mais bem documentados desses massacres ocorreu em York, Eng., em 1190.
Antes do século XI os judeus enfrentaram pouca perseguição, viveram entre cristãos, e até perseguiram as mesmas ocupações que os cristãos. O estatuto restrito dos judeus após esse tempo encorajou muitos deles a recorrer ao empréstimo de dinheiro, o que só serviu para aumentar a hostilidade cristã (os cristãos eram proibidos de emprestar dinheiro a outros cristãos). Porque os judeus muitas vezes se comprometiam em nome do trabalho dos governantes que os cristãos não faziam ou não eram encorajados a fazer, tais como servir como médicos e oficiais de finanças, os judeus eram odiados tanto pela sua religião como pelo seu papel social.
A identidade judaica também era visualmente marcada. Os judeus eram representados de maneiras particulares na arte, e o quarto Concílio Lateranense em 1215 insistiu que os judeus usavam marcas de identificação em suas roupas. Mesmo quando não eram perseguidos selvagemmente, os judeus eram considerados propriedade dos monarcas territoriais da Europa e podiam ser rotineiramente explorados economicamente e até mesmo expulsos, como eram da Inglaterra em 1290, França em 1306, e Espanha em 1492.
Os cristãos antigos também acreditavam que era necessário que os judeus continuassem a existir sem conversão, porque o Apocalipse, ou Apocalipse a João, o último livro da Bíblia Cristã, afirmava que os judeus seriam convertidos no final dos tempos. Portanto, um “remanescente salvador” dos judeus precisava existir para que a profecia bíblica fosse cumprida.
Muçulmanos, por outro lado, não possuíam nem o status histórico dos judeus nem o seu lugar na história da salvação (o curso dos acontecimentos desde a Criação até o Juízo Final). Para muitos pensadores cristãos, os muçulmanos eram antigos hereges cristãos que adoravam Maomé, o Profeta do Islã, e eram culpados de ocupar a Terra Santa e ameaçar a cristandade com força militar. A Primeira Cruzada tinha sido lançada para libertar a Terra Santa do domínio islâmico, e mais tarde Cruzadas foram realizadas para defender a conquista original.
O movimento Cruzado falhou por muitas razões, mas principalmente porque os requisitos materiais para sustentar um posto avançado militar e político tão longe do coração da Europa Ocidental não foram cumpridos. Mas como componente da cultura europeia, o ideal da Cruzada permaneceu proeminente, mesmo nos séculos XV e XVI, quando o poderoso Império Otomano ameaçou de facto varrer o Mediterrâneo e o sudeste da Europa. Só depois do Tratado de Carlowitz, em 1699, foi estabelecida uma fronteira estável entre o Império Otomano e o Sacro Império Romano.
O medo do Islão e o medo do poder militar muçulmano não impediram, contudo, uma transferência comercial e tecnológica viva e expansiva entre as duas civilizações ou entre elas e o Império Bizantino. As trocas comerciais e intelectuais entre as terras islâmicas e a Europa Ocidental foram consideráveis. As inovações marítimas, agrícolas e tecnológicas muçulmanas, bem como muita tecnologia do Leste Asiático através do mundo muçulmano, fizeram o seu caminho para a Europa Ocidental numa das maiores transferências de tecnologia da história mundial. O que os europeus não inventaram eles prontamente emprestaram e adaptaram para seu próprio uso. Das três grandes civilizações da Eurásia ocidental e do Norte de África, a da Europa cristã começou como a menos desenvolvida em praticamente todos os aspectos da cultura material e intelectual, bem atrás dos estados islâmicos e de Bizâncio. No final do século XIII tinha começado a puxar até mesmo, e no final do século XV tinha ultrapassado ambos. As viagens de descoberta do final do século XV não eram algo novo, mas uma continuação mais ambiciosa do interesse europeu em partes distantes do mundo.