Jackson foi redigido na segunda rodada (37º geral) do rascunho de 1997 da NBA pelos Golden State Warriors. Por ter caído para o segundo round, Jackson escolheu começar sua carreira profissional na Europa para ganhar mais dinheiro para apoiar sua mãe e seu irmão mais novo e desenvolver melhor suas habilidades antes de entrar na NBA. Ele passou três anos no exterior jogando para Tofaş Bursa (Turquia), Lobos Caja Cantabria (Espanha) e Cantabria Lobos (Espanha), antes de retornar aos EUA e estrear para os Warriors em 2000.
Jackson causou um impacto imediato para os Warriors, liderando todos os estreantes em pontos e ressaltos, enquanto permaneceu perto do topo da lista em gols de campo e porcentagens de arremessos livres. Ele foi nomeado para a equipe All-Rookie e terminou em terceiro lugar na votação do Rookie do Ano. Como agente livre restrito no final da temporada, Jackson assinou um contrato de seis anos, no valor de US$ 24,375 milhões, com o Houston Rockets, que os Warriors igualaram. Apesar do sucesso de Jackson, ele ficou preso atrás de Adonal Foyle, Danny Fortson e Erick Dampier na tabela de profundidade do Golden State, e expressou seu descontentamento com o escritório da frente dos Warriors, que correspondeu à oferta, em vez de permitir que ele conseguisse mais tempo de jogo em outro lugar.
No prazo comercial de 2002 da NBA, os Warriors trocaram Jackson pelo Minnesota Timberwolves, para jogar ao lado de Kevin Garnett. Em 23 de julho de 2003, ele foi trocado para a sua cidade natal, Philadelphia 76ers, em um negócio de quatro times. Ele perdeu 57 jogos devido a uma lesão na sua primeira temporada no Philadelphia, mas voltou no ano seguinte liderando o time em rebotes e ficando em segundo lugar em pontos, para ajudar os Sixers a voltarem às finais. Durante seu tempo na Filadélfia, ele dividiu o tempo entre as posições Center e Power Forward.
Em 9 de agosto de 2005, Jackson foi negociado com o New Jersey Nets após um acordo para trazer Shareef Abdur-Rahim do Portland Trail Blazers para o Nets ter sido eliminado. Antes do prazo comercial de 2005-06, ele foi negociado pelos Nets para os Nets de New Orleans Hornets. Em 2007, ele assinou com a equipe Olympiacos da Liga Grega, mas foi liberado após não se encaixar no sistema do novo treinador da equipe, Panagiotis Giannakis. Em agosto de 2008, Jackson foi contratado pela UNICS Kazan da Superliga Russa, e anunciou a sua aposentadoria logo após assinar pelo Obradoiro CAB em 2009.