O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência de aneurisma do septo interatrial (AAS) em recém-nascidos, definir o curso natural do AAS e investigar seu papel no fechamento da abertura do septo interatrial associado (IASO). Um total de 1072 recém-nascidos consecutivos foram examinados com ecocardiografia no período pós-natal precoce. O comprimento do septo interatrial, o diâmetro da IASO, a excursão e base do aneurisma e a largura do átrio relacionado foram medidos e a razão de excursão e a razão basal foram calculadas para cada neonato. Aneurismas com uma razão de excursão > ou = 25% foram diagnosticados como ASA. Havia 81 neonatos (7,6%) com AAS. A prevalência de ASA foi de 11,1% em pré-termo (14 de 126) e 7,1% em recém-nascidos de termo completo (67 de 946). Todos os ASA desapareceram no final do primeiro ano de vida e não houve complicações relacionadas com a lesão durante o período de seguimento. Embora a prevalência global da IASO tenha sido de 78,6% (843 de 1072), foi de 72,8% (59 de 81) entre os casos com ASA. Embora o tempo de desaparecimento da derivação do septo interatrial não tenha sido significativamente diferente entre os casos com e sem ASA, o fechamento espontâneo foi menos freqüente nos casos com ASA do que naqueles sem ASA 77,7 e 96,1%, respectivamente (p < 0,001). A prevalência da ASA é alta entre os recém-nascidos, com uma alta taxa de resolução. Portanto, pode-se considerar que é uma observação benigna e transitória. O fechamento espontâneo menos frequente da IASO em casos com AAS indica que a AAS pode ter um efeito deletério no fechamento espontâneo.