Orașul Clovis a început ca o stație de marfă de-a lungul căii ferate San Joaquin Valley Railroad. Organizată la 15 ianuarie 1890 de către oamenii de afaceri din Fresno Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H.D. Colson, John D. Gray și William M. Williams, în parteneriat cu speculatorul de căi ferate din Michigan Marcus Pollasky, SJVRR a început construcția în Fresno la 4 iulie 1891 și a ajuns pe terenurile agricole ale lui Clovis M. Cole și George Owen până în luna octombrie a aceluiași an. Calea ferată a cumpărat dreptul de trecere de la ambii fermieri, jumătate de la fiecare – partea de est de la Cole și partea de vest de la Owen – și a trasat șinele până la granița dintre cele două proprietăți. Calea ferată a fost de acord să înființeze o stație pe partea de vest a căii ferate și să o numească „Clovis”. Stația Clovis, care a fost numită după Clovis Cole, a fost poziționată pe partea Owen a căii ferate.
Cole și Owen au vândut ulterior teren lui Marcus Pollasky pentru dezvoltarea unui oraș. Inginerul civil din Fresno, Ingvart Tielman, a cartografiat situl orașului în numele lui Pollasky la 29 decembrie 1891. Orașul inițial avea străzi care purtau numele ofițerilor și al principalilor investitori ai căii ferate: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun și (O. D.) Baron. Orașul, numit „Clovis” după Clovis Station de către Pollasky, a fost amenajat pe ceea ce a fost inițial terenul lui Owen.
Căile ferate au fost finalizate până în orașul Hamptonville (acum Friant), pe malul râului San Joaquin, la doar 26 de mile (42 km) de la punctul său de origine din Fresno. Articolele de constituire pentru San Joaquin Valley Railroad indică faptul că corporația intenționa să construiască 100 de mile de cale ferată, inclusiv linii de cale ferată și ramificații, prin zona agricolă de la est de Fresno, apoi spre nord până la resursele de lemn și minerale de la poalele munților Sierra. La acea vreme, Hamptonville se numea „Pollasky”. În miercurea dinaintea Zilei Recunoștinței din 1891, la terminalul Pollasky a avut loc o festivitate de încheiere a instalării căii ferate, la care au participat 3.000 de fresneni. Calea ferată a început să funcționeze oficial în ianuarie 1892.
Primul an de funcționare a căii ferate a coincis cu începuturile unui declin economic național profund. Fermierii nu au reușit să obțină un randament profitabil pentru recoltele lor, băncile și căile ferate au dat faliment la nivel național. SJVRR nu a reușit să genereze venituri suficiente pentru a-și plăti datoriile, a fost închiriată de Southern Pacific Railroad și ulterior cumpărată de SPRR în 1893. Prin reducerea programului de funcționare a căii ferate și tăierea costurilor, Southern Pacific a reușit să obțină un mic profit în primii ani după achiziția sa.
În același timp în care se planifica construirea căii ferate, un grup de tăietori de lemne din Michigan a început să achiziționeze mii de acri de lemn în Sierra Nevada, la aproximativ 75 de mile nord-est de Fresno. A fost construit un baraj peste Stevenson Creek pentru a crea un lac care să le permită să mute lemnul proaspăt tăiat la o moară de lângă lac. Apoi au construit un canal în formă de V de 68 km (42 mile), cu o înălțime de 7,6 m (25 picioare), care începea la poalele barajului. Pe măsură ce lemnul era tăiat la moară, era încărcat în canal și propulsat de apă până la o fabrică de rindeluit la est de gara Clovis, unde se află astăzi Clovis Rodeo și Clark Intermediate School. Fabrica de cherestea și depozitul de cherestea aveau propria rețea de șine pentru a muta cheresteaua în jurul depozitului și pentru a face legătura cu SJVRR chiar la sud de gara Clovis.
Finalizarea în 1894 a canalului de cherestea și începerea operațiunilor fabricii au dat un impuls pentru dezvoltarea ulterioară a zonei din jurul gării Clovis. Orașul a început să prindă contur pe măsură ce angajații de la depozitul de cherestea și-au construit case în apropierea locului de muncă. Întreprinderile de servicii, bisericile și școlile au devenit necesare, iar orașul a început să funcționeze. Primul oficiu poștal din Clovis a fost deschis în 1895. Un articol de ziar din 1896 descrie orașul ca având o populație care se apropia de 500 de cetățeni.
Clovis a fost încorporat ca oraș în februarie 1912. Străzile principale din centrul orașului au fost denumite după ofițerii căii ferate. Strada Fulton a fost numită mai târziu Front Street, apoi Main Street, iar acum este Clovis Avenue.
Moara de cherestea a ars în 1914 și nu a fost reconstruită. Terenurile sunt acum ocupate de Clark Intermediate School și de Clovis Rodeo Grounds. Clovis are o istorie îndelungată ca oraș occidental cunoscut pentru sloganul său, „Clovis – A Way of Life”. Din 1914, Clovis Rodeo are loc în ultimul weekend din aprilie, cu o paradă sâmbătă dimineața, urmată de rodeo în după-amiaza respectivă și toată ziua de duminică. Contribuie, de asemenea, la „Clovis way of life” o serie de festivaluri de stradă, inclusiv Big Hat Days, ClovisFest și piața săptămânală Friday Night Farmer’s Market, care are loc în fiecare an între jumătatea lunii mai și jumătatea lunii septembrie.
Ultima structură care a supraviețuit construită de calea ferată este un depou care se află acum în apropierea locului în care se află stația Clovis originală. Primele fotografii, din jurul anului 1910, arată depoul situat în fața vinăriei Tarpey, la sud de intersecția dintre Ashlan și Clovis Avenues. În 1999 a fost mutat în locația sa actuală din centrul orașului, la colțul de nord-est dintre Clovis Avenue și Fourth Street, și a fost restaurat de către Clovis Big Dry Creek Historical Society, cu finanțare, muncă și materiale donate de întreprinderi și antreprenori locali.
Marcus Pollasky a fost un avocat, născut în Michigan, care a locuit în Chicago chiar înainte de a veni în Fresno. De-a lungul vieții sale a încercat să creeze mai multe proiecte similare cu SJVRR, inclusiv proiecte în Eureka, California, Virginia, Michigan și Oklahoma. Puține au fost construite efectiv. În 1896, Pollasky l-a dat în judecată pe Collis P. Huntington în instanțele din Los Angeles pentru banii pe care i-a pierdut în Fresno, „în timp ce era angajat într-o întreprindere comună cu acuzatul, Huntington”. S-a speculat mult timp că Pollasky a fost un agent al Southern Pacific, iar acest proces de „joint venture” pare să dovedească acest lucru.
Multe clădiri din centrul orașului au fost renovate. Vitrinele mai vechi de pe Clovis Avenue, strada principală care traversează orașul, au fost restaurate, iar clădirile noi au fost proiectate cu fațade care seamănă cu cele întâlnite la începutul secolului XX. Centrul istoric a renăscut sub numele de „Old Town Clovis”.
.