Născută la Palatul Linlithgow, West Lothian, la 8 decembrie 1542, Maria a devenit regină a Scoției la vârsta de șase zile.
Pretențiile sale la tronul Angliei au fost aproape la fel de puternice ca și pretențiile sale la tronul Scoției. Ca strănepoată a lui Henric al VII-lea al Angliei, Maria era următoarea în linia de succesiune la tronul englez, după copiii lui Henric al VIII-lea.
Datorită tinereții și sexului ei, nobilimea scoțiană a decis că trebuie să facă pace cu Anglia și au fost de acord ca ea să se căsătorească cu fiul lui Henric al VIII-lea, viitorul Eduard al VI-lea.
După ce a fost aranjat tratatul, însă, catolicii care se opuneau planului au dus-o pe tânăra Maria la Castelul Stirling și, spre furia lui Henric, au rupt partida, preferând să se întoarcă la alianța tradițională a Scoției cu Franța.
Henry a ordonat atunci seria sălbatică de raiduri în Scoția cunoscută sub numele de „The Rough Wooing”. Armata sa a incendiat Abația din Holyroodhouse, unde era înmormântat Iacob al V-lea, a ars culturile din Valea Tweed și a dat foc abațiilor de graniță Melrose, Jedburgh și Dryburgh.
Nu s-au lăsat descurajați, scoțienii au logodit-o în 1548 pe Maria cu moștenitorul regelui francez Henri al II-lea, Delfinul Francisc, și au trimis-o să fie crescută la Curtea franceză. Se spune că ortografia numelui familiei regale Stewart s-a schimbat în Stuart în acel moment, pentru a se potrivi ortografiei convenționale franceze.
Înaltă, grațioasă și iute la minte, Maria s-a căsătorit cu Delfinul la Paris la 24 aprilie 1558. Acesta a succedat la tronul tatălui său în 1559, făcând-o pe Maria regină a Franței, precum și a Scoției, dar domnia sa a fost scurtă, deoarece a murit din cauza unei infecții la ureche în 1560.
În anul următor, în ciuda avertismentelor prietenilor ei, Maria a decis să se întoarcă în Scoția, acum o țară oficial protestantă după reformele religioase conduse de John Knox.
Era romano-catolică, dar fratele ei vitreg, lordul James Stewart, mai târziu conte de Moray, a asigurat-o că i se va permite să se închine așa cum dorește și în august 1561 s-a întors, cu o primire neașteptat de caldă din partea supușilor ei protestanți.
La început, Maria a guvernat cu succes și cu moderație, sfătuită de lordul James și de William Maitland de Lethington, un diplomat subtil. Cu toate acestea, căsătoria ei din 1565 cu vărul ei de-al doilea Henry, Lord Darnley (strănepotul lui Henric al VII-lea) a inițiat o serie tragică de evenimente agravate de nobilii scoțieni facțioși.
Supărat și irascibil, Darnley a devenit unealta dușmanilor Mariei și, împreună cu un grup de conspiratori, a dat buzna în sala de cină, a amenințat-o pe regina gravida și a ucis secretarul ei, David Riccio, la 9 martie 1566, în interiorul Palatului Holyroodhouse.
Nașterea lui James, fiul Mariei și al lui Darnley, în vara aceluiași an, nu a făcut nimic pentru a îmbunătăți relația lor, iar când Darnley a fost ucis la Kirk o’Field, chiar în afara zidurilor Edinburghului, la 10 februarie 1567, oamenii au suspectat că ea a fost implicată în crimă.
Căsătoria ei ulterioară, trei luni mai târziu, cu Contele de Bothwell (despre care se crede în general că este principalul criminal) i-a adus inevitabila ruină. Lorzii ei protestanți s-au ridicat împotriva ei, iar armata ei i-a înfruntat pe ai lor la Carberry Hill, lângă Edinburgh, la 15 iunie 1567.
S-a predat, a fost întemnițată în Castelul Lochleven, Kinross-shire și a fost forțată să abdice în favoarea fiului ei nou-născut. Bothwell a fugit în Scandinavia, unde a fost arestat și ținut prizonier până la moartea sa.
Mary a evadat din Lochleven în 1568, doar pentru a fi învinsă în Bătălia de la Langside, lângă Glasgow, la 13 mai. Fugind spre sud, ea a căutat adăpost în Anglia, crezând că regina Elisabeta I îi va susține cauza, dar în schimb a fost ținută în captivitate în Anglia timp de 19 ani.
Concentrarea unei lungi serii de comploturi romano-catolice împotriva Elisabetei, culminând cu complotul Babington de asasinare a reginei engleze, i-a determinat pe miniștrii Elisabetei să ceară executarea Mariei: „atâta timp cât există viață în ea, există speranță; așa că, în timp ce ei trăiesc în speranță, noi trăim în frică”.
Mary a fost în cele din urmă executată la Castelul Fotheringhay din Northamptonshire la 8 februarie 1587, la vârsta de 44 de ani.
A fost înmormântată în Catedrala din Peterborough, dar în 1612 fiul ei, Iacob al VI-lea și I, a dispus ca trupul ei să fie exhumat și așezat în cavoul Capelei Regelui Henric al VII-lea din Westminster Abbey.
.