1967 föreslog Lynn (Sagan) Margulis att mitokondrier, fotosyntetiska plastider och cilier förvärvades av prokaryoter och utvecklades symbiotiskt för att bilda anaeroba bakterier, fotosyntetiska bakterier och slutligen alger. Även om större delen av denna teori numera är väl accepterad har hypotesen att endosymbiotiska spirochaeter utvecklades till eukaryotiska flageller och cilier, och de följande förslagen om ett endosymbiotiskt ursprung för andra eukaryotiska organeller som peroxisomer, glyoxysomer etc. inte fått mycket acceptans, eftersom bevisen tyder på att de saknar ett genom och inte uppvisar ultrastrukturella likheter med bakterier eller arkéer. Trots detta har man nyligen föreslagit att mitokondrier, plastider, prokaryotiska och eukaryotiska celler och till och med flageller och peroxisomer, som antingen primära eller sekundära endosymbionter, under årtusenden har överfört en del av eller hela sitt eget DNA till värdcellens cellkärna genom en process som kallas ”endogenosymbios” (dvs. en symbiotisk genöverföring, t.ex. genom att endosymbiontens DNA internaliseras med lateral överföring). Denna endogenosymbios skulle kunna äga rum under den evolutionära övergången från det symbiotiska interagerande samhället, som Margulis åberopade, till en fullt integrerad (antingen prokaryotisk eller eukaryotisk) cell. Denna process skulle kunna förklara de saknade bevisen för förekomsten av DNA i flageller och peroxisomer, vars endosymbionter som är förfäder, under den långa endogenosymbiotiska evolutionen, skulle kunna ha överfört hela sin arvsmassa till värdcellen som därefter integrerade den i sin egen arvsmassa och direkt kontrollerade dess uttryck. Dessutom skulle endogenosymbioshypotesen kunna förklara övergången från en RNA- till en DNA-värld och vissa fall av verklig sympatrisk utveckling av arter, som till synes är oförklarliga med hjälp av de kanoniska artbildningsprocesserna. Efter en introduktion till den teoretiska grunden för endogenosymbios och en diskussion om de empiriska bekräftande bevisen visar jag här en grafisk sammanfattning av integrationen mellan denna och de tidigare endosymbiosteorierna. Serial Endosymbiosis Theory och Secondary Endosymbiosis slås samman med Endogenosymbiosis Theory i en Unified Symbiogenetic Theory (UST).