De heliga texterna i uppenbarade religioner må vara eviga och oföränderliga, men de förstås och tillämpas av människor som lever i tiden. De kristna trodde inte bara att judarna hade missförstått Skriften, vilket rättfärdigade den kristna omtolkningen av den judiska Skriften, utan att hela den judiska Skriften måste förstås som att den endast innehöll en partiell sanning. Hela sanningen var begriplig endast när den judiska Skriften tolkades korrekt, på vad de kristna kallade ett ”andligt” snarare än enbart ett ”köttsligt” sätt.
Men även om tidiga kristna texter och senare påvliga befallningar hade förbjudit förföljelse och tvångskonvertering av judar, så iakttogs dessa doktriner mindre noggrant med början på 1000-talet. Förutspridda av en rad pogromer i både Europa och Mellanöstern som genomfördes under det första korståget kom en djupare och mer utbredd antijudaism att prägla en stor del av den europeiska historien efter 1100. Under denna period uppstod också det som vissa historiker har kallat ”chimär antijudaism”, en föreställning om juden inte bara som okunnig om andlig sanning och envist motståndare till kristna förkunnelser, utan också som aktivt fientligt inställd till kristendomen och skyldig till fula brott mot den, t.ex. rituella mord på kristna barn och vanhelgande av den avskilda värdinnan i mässan. Denna form av antijudaism resulterade i massakrer på judar, vanligen vid tillfällen av hög social spänning inom kristna samhällen. En av de bäst dokumenterade massakrerna ägde rum i York, England, år 1190.
För 1000-talet utsattes judarna för liten förföljelse, levde bland kristna och utövade till och med samma yrken som de kristna. Judarnas begränsade status efter denna tid uppmuntrade många av dem att vända sig till penningutlåning, vilket bara bidrog till att öka den kristna fientligheten (kristna var förbjudna att låna ut pengar till andra kristna). Eftersom judarna ofta för härskarnas räkning åtog sig arbete som kristna inte skulle göra eller inte uppmuntrades att göra, till exempel som läkare och finansansvariga, hatades judarna både för sin religion och för sina sociala roller.
Den judiska identiteten var också visuellt markerad. Judar avbildades på särskilda sätt i konsten, och det fjärde Laterankonciliet år 1215 insisterade på att judar skulle bära identifieringsmärken på sina kläder. Även när de inte var brutalt förföljda betraktades judarna som egendom för de territoriella monarkerna i Europa och kunde rutinmässigt utnyttjas ekonomiskt och till och med fördrivas, vilket de gjorde från England 1290, Frankrike 1306 och Spanien 1492.
De kristna trodde också att det var nödvändigt att judarna fortsatte att existera utan att ha omvänts, eftersom det i Apokalypsen, eller Uppenbarelseboken till Johannes, den sista boken i den kristna Bibeln, stod att judarna skulle omvändas vid tidens slut. Därför behövde en ”frälsande kvarleva” av judar existera så att bibliska profetior skulle uppfyllas.
Muslimerna å andra sidan ägde varken judarnas historiska status eller deras plats i frälsningshistorien (händelseförloppet från skapelsen till den yttersta domen). För många kristna tänkare var muslimer tidigare kristna kättare som dyrkade Muhammed, islams profet, och som var skyldiga till att ha ockuperat det heliga landet och hotat kristenheten med militärt våld. Det första korståget hade inletts för att befria det Heliga landet från islamiskt styre, och senare korståg företogs för att försvara den ursprungliga erövringen.
Kryssningsrörelsen misslyckades av många anledningar, men främst på grund av att de materiella förutsättningarna för att upprätthålla en militär och politisk utpost så långt bort från Västeuropas kärnland inte uppfylldes. Men som en del av den europeiska kulturen förblev korstågsidealet framträdande, även under 1400- och 1500-talen, när det mäktiga ottomanska riket verkligen hotade att svepa över Medelhavet och sydöstra Europa. Inte förrän i Carlowitzfördraget 1699 upprättades en stabil gräns mellan det osmanska riket och det heliga romerska riket.
Förakt för islam och rädsla för muslimsk militärmakt hindrade dock inte en livlig och expansiv kommersiell och teknisk överföring mellan de två civilisationerna eller mellan dem och det bysantinska riket. Det kommersiella och intellektuella utbytet mellan islamiska länder och Västeuropa var betydande. Muslimska innovationer inom sjöfart, jordbruk och teknik, liksom mycket östasiatisk teknik via den muslimska världen, tog sig till Västeuropa i en av de största tekniköverföringarna i världshistorien. Det som européerna inte uppfann lånade de gärna och anpassade för eget bruk. Av de tre stora civilisationerna i västra Eurasien och Nordafrika började det kristna Europa som den minst utvecklade i praktiskt taget alla aspekter av materiell och intellektuell kultur, långt efter de islamiska staterna och Bysans. I slutet av 1200-talet hade den börjat komma upp i jämnhöjd och i slutet av 1400-talet hade den överträffat båda. Upptäcktsresorna i slutet av 1400-talet var inte något nytt utan en mer ambitiös fortsättning på det europeiska intresset för avlägsna delar av världen.