La ciudad de Clovis comenzó como una parada de carga a lo largo del Ferrocarril del Valle de San Joaquín. Organizada el 15 de enero de 1890 por los empresarios de Fresno Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H.D. Colson, John D. Gray y William M. Williams, en asociación con el especulador ferroviario de Michigan Marcus Pollasky, el SJVRR comenzó a construirse en Fresno el 4 de julio de 1891 y llegó a las tierras de cultivo de Clovis M. Cole y George Owen en octubre de ese año. El ferrocarril compró el derecho de paso de ambos granjeros, la mitad de cada uno -el lado este de Cole y el lado oeste de Owen- e instaló las vías en el límite entre las dos propiedades. El ferrocarril acordó establecer una estación en el lado oeste de las vías y llamarla «Clovis». La estación de Clovis, que recibió el nombre de Clovis Cole, se situó en el lado de Owen de la vía.
Cole y Owen vendieron posteriormente terrenos a Marcus Pollasky para el desarrollo de un emplazamiento urbano. El ingeniero civil de Fresno, Ingvart Tielman, cartografió el emplazamiento de la ciudad en nombre de Pollasky el 29 de diciembre de 1891. El emplazamiento original contaba con calles que llevaban el nombre de los funcionarios y principales inversores del ferrocarril: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun y (O. D.) Baron. El emplazamiento de la ciudad, llamado «Clovis» en honor a la estación de Clovis de Pollasky, se estableció en lo que originalmente era la tierra de Owen.
El ferrocarril se completó hasta la ciudad de Hamptonville (ahora Friant) en las orillas del río San Joaquín, a sólo 26 millas (42 km) de su punto de origen en Fresno. Los estatutos del Ferrocarril del Valle de San Joaquín indican que la corporación tenía la intención de construir 160 km de vías, incluidos los apartaderos y los ramales, a través de las zonas agrícolas del este de Fresno, y luego hacia el norte hasta los recursos madereros y minerales de las estribaciones de la Sierra. En aquella época, Hamptonville se llamaba «Pollasky». El miércoles anterior al Día de Acción de Gracias de 1891 se celebró la finalización del tendido de la vía en la terminal de Pollasky con la asistencia de 3.000 fresnenses. El ferrocarril comenzó a funcionar oficialmente en enero de 1892.
El primer año de funcionamiento del ferrocarril coincidió con el inicio de un profundo declive económico nacional. Los agricultores no podían obtener un rendimiento rentable de sus cosechas, los bancos y los ferrocarriles fracasaron en todo el país. El SJVRR fue incapaz de generar suficientes ingresos para pagar su deuda, fue arrendado al Southern Pacific Railroad y posteriormente comprado por el SPRR en 1893. Al reducir el horario de funcionamiento del ferrocarril y recortar los costes, la Southern Pacific pudo obtener un pequeño beneficio en los primeros años tras su adquisición.
Al mismo tiempo que se planificaba el ferrocarril, un grupo de madereros de Michigan comenzó a adquirir miles de acres de madera en Sierra Nevada, a unas 75 millas al noreste de Fresno. Construyeron una presa en el arroyo Stevenson para crear un lago que les permitiera trasladar la madera recién cortada a un aserradero situado junto al lago. A continuación, construyeron un canal en forma de V de 42 millas (68 km) y 25 pies de altura (7,6 m) que comenzaba al pie de la presa. Cuando la madera se cortaba en bruto en el aserradero, se cargaba en el canal y se impulsaba por agua hasta un aserradero de cepillado al este de la estación de ferrocarril de Clovis, donde hoy se encuentran el Rodeo de Clovis y la Escuela Intermedia Clark. El aserradero y el patio tenían su propia red de raíles para mover la madera alrededor del patio y para conectar con el SJVRR justo al sur de la estación de Clovis.
La finalización en 1894 del canal de la madera y el comienzo de las operaciones del aserradero proporcionaron el impulso para un mayor desarrollo de la zona alrededor de la estación de Clovis. La ciudad comenzó a tomar forma a medida que los empleados del aserradero construían casas cerca de su empleo. Se hicieron necesarios los negocios de servicios, las iglesias y las escuelas, y se inició la ciudad. La primera oficina de correos de Clovis se abrió en 1895. Un artículo del periódico de 1896 describe que el pueblo tenía una población cercana a los 500 ciudadanos.
Clovis fue incorporada como ciudad en febrero de 1912. Las principales calles del centro de la ciudad recibieron los nombres de los funcionarios del ferrocarril. La calle Fulton se llamó más tarde Front Street, luego Main Street, y ahora es Clovis Avenue.
El aserradero se quemó en 1914 y no fue reconstruido. Los terrenos están ahora ocupados por la Clark Intermediate School y el Clovis Rodeo Grounds. Clovis tiene una larga historia como ciudad del oeste conocida por su eslogan, «Clovis – A Way of Life». Desde 1914, el Rodeo de Clovis se celebra el último fin de semana de abril, con un desfile el sábado por la mañana, seguido del rodeo esa tarde y todo el día del domingo. También contribuyen al «estilo de vida de Clovis» una serie de festivales callejeros, entre los que se encuentran Big Hat Days, ClovisFest y el mercado semanal de agricultores de los viernes por la noche, que se celebra entre mediados de mayo y mediados de septiembre todos los años.
La última estructura que ha sobrevivido construida por el ferrocarril es un depósito que ahora se encuentra cerca del emplazamiento de la estación original de Clovis. Las primeras fotos, de alrededor de 1910, muestran el depósito situado frente a la bodega Tarpey al sur de la intersección de las avenidas Ashlan y Clovis. En 1999 se trasladó a su ubicación actual en el centro de la ciudad, en la esquina noreste de la Avenida Clovis y la Calle Cuarta, y fue restaurada por la Sociedad Histórica de Clovis Big Dry Creek con financiación, mano de obra y materiales donados por empresas y contratistas locales.
Marcus Pollasky fue un abogado, nacido en Michigan, que vivió en Chicago justo antes de llegar a Fresno. A lo largo de su vida intentó crear varios proyectos similares al SJVRR, incluyendo proyectos en Eureka, California, Virginia, Michigan y Oklahoma. Pocos llegaron a construirse. En 1896, Pollasky demandó a Collis P. Huntington en los tribunales de Los Ángeles por el dinero que perdió en Fresno, «mientras participaba en una empresa conjunta con el acusado, Huntington». Durante mucho tiempo se ha especulado que Pollasky era un agente de la Southern Pacific, y esta demanda de «empresa conjunta» parece demostrarlo.
Muchos edificios del núcleo urbano han sido renovados. Se han restaurado los antiguos escaparates de la avenida Clovis, la calle principal que atraviesa la ciudad, y se han diseñado nuevos edificios con fachadas que se asemejan a las de principios del siglo XX. El centro histórico ha renacido como «Old Town Clovis».