Los textos sagrados de las religiones reveladas pueden ser eternos e inmutables, pero son entendidos y aplicados por seres humanos que viven en el tiempo. Los cristianos creían no sólo que los judíos habían malinterpretado la Escritura, justificando así la reinterpretación cristiana de la Escritura judía, sino que toda la Escritura judía debía entenderse como que contenía sólo una verdad parcial. La verdad completa sólo era comprensible cuando la Escritura judía se interpretaba correctamente, en lo que los cristianos llamaban una manera «espiritual» y no meramente «carnal».
Aunque los primeros textos cristianos y los posteriores mandatos papales habían prohibido la persecución y la conversión forzosa de los judíos, estas doctrinas se observaron con menos cuidado a partir del siglo XI. Anunciado por una serie de pogromos tanto en Europa como en Oriente Medio llevados a cabo en el curso de la Primera Cruzada, un antijudaísmo más profundo y extendido llegó a caracterizar gran parte de la historia europea después de 1100. También surgió en este periodo lo que algunos historiadores han denominado antijudaísmo «quimérico», la concepción del judío no sólo como ignorante de la verdad espiritual y obstinadamente resistente a la predicación cristiana, sino como activamente hostil al cristianismo y culpable de horribles crímenes contra él, como el asesinato ritual de niños cristianos y la profanación de la hostia consagrada de la misa. Esta forma de antijudaísmo dio lugar a masacres de judíos, normalmente en momentos de gran tensión social dentro de las comunidades cristianas. Una de las masacres mejor documentadas tuvo lugar en York, Inglaterra, en 1190.
Antes del siglo XI los judíos sufrían poca persecución, vivían entre cristianos e incluso ejercían las mismas ocupaciones que éstos. El estatus restringido de los judíos después de esa época animó a muchos de ellos a dedicarse al préstamo de dinero, lo que sólo sirvió para aumentar la hostilidad cristiana (los cristianos tenían prohibido prestar dinero a otros cristianos). Como los judíos a menudo realizaban en nombre de los gobernantes trabajos que los cristianos no hacían o no se les animaba a hacer, como servir de médicos y funcionarios financieros, los judíos eran odiados tanto por su religión como por sus funciones sociales.
La identidad judía también estaba marcada visualmente. Los judíos eran representados de formas particulares en el arte, y el cuarto Concilio de Letrán en 1215 insistió en que los judíos llevaran marcas de identificación en su ropa. Incluso cuando no eran salvajemente perseguidos, los judíos eran considerados propiedad de los monarcas territoriales de Europa y podían ser rutinariamente explotados económicamente e incluso expulsados, como lo fueron de Inglaterra en 1290, de Francia en 1306 y de España en 1492.
Sin embargo, los cristianos también creían que era necesario que los judíos siguieran existiendo sin convertirse, porque el Apocalipsis, o Apocalipsis a Juan, el último libro de la Biblia cristiana, afirmaba que los judíos se convertirían al final de los tiempos. Por lo tanto, era necesario que existiera un «remanente salvador» de judíos para que se cumpliera la profecía bíblica.
Los musulmanes, por otra parte, no poseían ni el estatus histórico de los judíos ni su lugar en la historia de la salvación (el curso de los acontecimientos desde la Creación hasta el Juicio Final). Para muchos pensadores cristianos, los musulmanes eran antiguos herejes cristianos que adoraban a Mahoma, el profeta del Islam, y eran culpables de ocupar Tierra Santa y amenazar a la cristiandad con la fuerza militar. La Primera Cruzada se había lanzado para liberar Tierra Santa del dominio islámico, y las Cruzadas posteriores se emprendieron para defender la conquista original.
El movimiento de las Cruzadas fracasó por muchas razones, pero principalmente porque no se cumplieron los requisitos materiales para sostener un puesto militar y político tan alejado del corazón de Europa occidental. Pero como componente de la cultura europea, el ideal de las Cruzadas siguió siendo importante, incluso en los siglos XV y XVI, cuando el poderoso Imperio Otomano amenazaba con arrasar el Mediterráneo y el sureste de Europa. Hasta el Tratado de Carlowitz, en 1699, no se estableció una frontera estable entre el Imperio Otomano y el Sacro Imperio Romano Germánico.
El desprecio por el Islam y el temor al poderío militar musulmán no impidieron, sin embargo, un vivo y expansivo trasvase comercial y tecnológico entre ambas civilizaciones o entre éstas y el Imperio Bizantino. Los intercambios comerciales e intelectuales entre las tierras islámicas y Europa occidental fueron considerables. Las innovaciones marítimas, agrícolas y tecnológicas musulmanas, así como gran parte de la tecnología de Asia oriental a través del mundo musulmán, llegaron a Europa occidental en una de las mayores transferencias tecnológicas de la historia mundial. Lo que los europeos no inventaron lo tomaron prestado y lo adaptaron para su propio uso. De las tres grandes civilizaciones de Eurasia occidental y el norte de África, la de la Europa cristiana comenzó siendo la menos desarrollada en prácticamente todos los aspectos de la cultura material e intelectual, muy por detrás de los estados islámicos y Bizancio. A finales del siglo XIII empezó a igualarse, y a finales del siglo XV había superado a ambos. Los viajes de descubrimiento de finales del siglo XV no eran algo nuevo, sino una continuación más ambiciosa del interés europeo por las partes lejanas del mundo.