Fasta File

Sekvensdata indeholder sekvenser af rester uden strukturelle data. Udledning og nøjagtighed af sådanne filer er genstand for forskning, men formaterne har tendens til at være enkle.

*.fasta

Anvendelsesformål

Sekvensinformation genereret af FASTA-sekvensaligneringspakken.

Format

FASTA-formatet er beskrevet her

Eksempel

I dette eksempel er 2ptl_ identifikatoren (ved hjælp af PDB’s navn). 1-120 beskriver det område af rester, som filen indeholder : Eksempel B.9. FASTA

>2ptl_ 1-120VTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFAAAAAVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFA

Nogle programmer, herunder stepwise og rna_denovo, tager flere kæder som input og tillader, at kæde og rester angives i tags som C:10-121 i FASTA-headerne.

Se også

• Liste over filtyper: Liste over filtyper, der anvendes i Rosetta
• Rosetta Basics: Liste over filtyper, der anvendes i Rosetta
• Rosetta Basics: Rosetta Basics: Hjemmesiden for Rosetta Basics
• Oversigt over indstillinger: Oversigt over Rosettas kommandolinjeindstillinger
• Ordliste: Oversigt over Rosettas kommandolinjeindstillinger
• Ordliste: Kortfattede definitioner af Rosetta-termer
• RosettaEncyclopedia: Detaljerede beskrivelser af yderligere begreber i Rosetta.
• Rosetta-oversigt: Detaljerede beskrivelser af yderligere begreber i Rosetta: Oversigt over de vigtigste begreber i Rosetta
• Applikationsdokumentation: Oversigt over de vigtigste begreber i Rosetta: Links til dokumentation for en række Rosetta-applikationer