Fasta File

配列データには、構造データのない残基の配列が含まれています。 このようなファイルの派生や精度は研究の対象ですが、フォーマットは単純なものになる傾向があります。

*.fasta

Application purpose

FASTA配列アライメントパッケージで生成された配列情報です。

Format

FASTAのフォーマットはこちらに記述されています

この例で2ptl_は識別子（PDBの名前を使用）です。 1-120はファイルが含む残基の範囲を記述しています。 FASTA

>2ptl_ 1-120VTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFAAAAAVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFA

stepwiseやrna_denovoなどいくつかのアプリケーションでは、入力として複数の鎖を取り、FASTAヘッダーのC:10-121のようなタグで鎖と残基を指定できます。

See Also

• ファイルタイプリストです。 Rosettaで使用されるファイルの種類一覧
• Rosetta Basics: Rosetta Basics ホームページ
• Options overview: Rosettaコマンドラインオプションの概要
• Glossary: Rosetta の用語の簡単な定義
• RosettaEncyclopedia: Rosetta のその他の概念に関する詳細な説明
• Rosetta overview: Rosetta の主要な概念の概要
• Application Documentation: 様々なRosettaアプリケーションのドキュメントへのリンク