Sequenzdaten enthalten Sequenzen von Resten ohne Strukturdaten. Die Ableitung und Genauigkeit solcher Dateien ist Gegenstand der Forschung, aber die Formate sind in der Regel einfach.
*.fastaAnwendungszweck
Sequenzinformationen, die durch das FASTA-Sequenzausrichtungspaket erzeugt werden.
Format
Das Format von FASTA wird hier beschrieben
Beispiel
In diesem Beispiel ist 2ptl_ der Identifikator (unter Verwendung des Namens der PDB). 1-120 beschreibt den Bereich der Reste, die die Datei enthält: Beispiel B.9. FASTA
>2ptl_ 1-120VTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFAAAAAVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFAEinige Anwendungen, einschließlich stepwise und rna_denovo, nehmen mehrere Ketten als Eingabe und erlauben die Angabe von Ketten und Resten in Tags wie C:10-121 in den FASTA-Headern.
Siehe auch
- Liste der Dateitypen: Liste der in Rosetta verwendeten Dateitypen
- Rosetta-Grundlagen: Die Rosetta-Grundlagen-Homepage
- Optionsübersicht: Überblick über die Rosetta-Befehlszeilenoptionen
- Glossar: Kurze Definitionen von Rosetta-Begriffen
- RosettaEnzyklopädie: Ausführliche Beschreibungen von zusätzlichen Konzepten in Rosetta
- Rosetta-Übersicht: Überblick über die wichtigsten Konzepte in Rosetta
- Anwendungsdokumentation: Links zur Dokumentation für eine Vielzahl von Rosetta-Anwendungen