Schuppentiere sind Einzelgänger, die meisten sind nachtaktiv und sehr geheimnisvoll; daher ist es für Wissenschaftler schwierig, sie in freier Wildbahn zu studieren, und es bleiben viele Rätsel über ihr Verhalten und ihre Gewohnheiten. Einige Schuppentierarten, wie das Chinesische Schuppentier, schlafen tagsüber in unterirdischen Höhlen, andere, wie das Schwarzbauch-Schuppentier und das Sunda-Schuppentier, sind dafür bekannt, dass sie in Bäumen schlafen. Abends kommen sie heraus, um nach Insekten zu suchen. Schuppentiere sind gut an das Graben angepasst: Sie graben mit ihren kräftigen Vorderbeinen und Krallen Höhlen, wobei sie ihre Schwänze und Hinterbeine als Stütze und zum Ausbalancieren benutzen. Beim Graben von Tunneln heben sie die Seiten und Dächer der Gänge aus, indem sie sich mit ihrem robusten, geschuppten Körper nach oben und zur Seite schieben. Mit ihren Vorder- und Hinterfüßen schieben sie die angehäufte Erde zum Höhleneingang zurück und treten mit aller Kraft bis zu einem Meter oder mehr Erde aus dem Eingang heraus.
Chinesische Schuppentiere in gemäßigten Zonen verbringen die Wintermonate in tiefen Höhlen. Die Winterhöhlen werden strategisch in der Nähe von Termitennestern gegraben, die eine dauerhafte Nahrungsquelle darstellen. In der chinesischen Legende heißt es, dass Schuppentiere unterirdisch um die ganze Welt reisen, und in der kantonesischen Sprache bedeutet der Name für Schuppentiere „das Tier, das sich durch den Berg gräbt“ oder „Chun-shua-cap“, was übersetzt „schuppiger Bergbohrer“ bedeutet.
Auch wenn Schuppentiere viele Merkmale und Gewohnheiten gemeinsam haben, gibt es auch Unterschiede. Weißbauch-Schuppentiere sind Baumkletterer, während Erdschuppentiere Bodenbewohner sind. Und einige, darunter alle vier asiatischen Arten, sind opportunistisch und können sowohl in Bäumen als auch auf dem Boden auf Nahrungssuche sein. Indische Schuppentiere, die in Sri Lanka vorkommen, leben Berichten zufolge in den Baumkronen des Regenwaldes, wo es Früchte und Blumen gibt, die Ameisen anlocken, und nicht am Boden, wo es sehr dunkel ist und das Nahrungsangebot begrenzt ist. Einige Schuppentierarten haben sogar einen halbwegs beweglichen Schwanz – sie können sich mit ihrem Schwanz an Ästen festhalten und daran hängen, was ihnen beim Klettern hilft.
Die Schuppen der Schuppentiere bieten eine gute Verteidigung gegen Raubtiere. Wenn sie bedroht werden, können sich Schuppentiere schnell zu einem Ball zusammenrollen und so ihre wehrlose Unterseite schützen. Außerdem schrecken sie Raubtiere ab, indem sie zischen und schnaufen und ihre scharfkantigen Schwänze peitschen. Schuppentiere, die auf ihren ausgeprägten Geruchssinn angewiesen sind, markieren ihre Reviere mit Urin und Sekreten aus einer speziellen Drüse sowie durch das Verstreuen von Kot. Wissenschaftler vermuten, dass diese Gerüche die Dominanz und den sexuellen Status anzeigen und auch dazu beitragen, dass sich die Tiere gegenseitig erkennen.