Die Stadt Clovis begann als Güterbahnhof entlang der San Joaquin Valley Railroad. Die am 15. Januar 1890 von den Fresnoer Geschäftsleuten Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H.D. Colson, John D. Gray und William M. Williams in Partnerschaft mit dem Eisenbahnspekulanten Marcus Pollasky aus Michigan gegründete SJVRR begann am 4. Juli 1891 mit dem Bau in Fresno und erreichte im Oktober desselben Jahres das Farmland von Clovis M. Cole und George Owen. Die Eisenbahn erwarb von beiden Farmern jeweils die Hälfte der Trasse – die Ostseite von Cole und die Westseite von Owen – und verlegte die Gleise an der Grenze zwischen den beiden Grundstücken. Die Eisenbahngesellschaft erklärte sich bereit, auf der Westseite der Gleise einen Bahnhof zu errichten und ihn „Clovis“ zu nennen. Der Bahnhof Clovis, der nach Clovis Cole benannt wurde, befand sich auf der Owen-Seite der Gleise.
Cole und Owen verkauften später Land an Marcus Pollasky, um eine Stadt zu errichten. Der Bauingenieur Ingvart Tielman aus Fresno erstellte am 29. Dezember 1891 im Auftrag von Pollasky eine Karte der Stadt. Der ursprüngliche Ort wies Straßen auf, die nach den Offizieren und Hauptinvestoren der Eisenbahn benannt waren: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun, und (O. D.) Baron. Die Stadt, die von Pollasky nach der Clovis Station „Clovis“ genannt wurde, wurde auf dem ursprünglichen Land von Owen angelegt.
Die Eisenbahn wurde bis zur Stadt Hamptonville (heute Friant) am Ufer des San Joaquin River fertiggestellt, nur 26 Meilen (42 km) von ihrem Ausgangspunkt in Fresno entfernt. Aus der Gründungsurkunde der San Joaquin Valley Railroad geht hervor, dass die Gesellschaft beabsichtigte, 100 Meilen Gleis, einschließlich Nebengleisen und Ausläufern, durch die landwirtschaftlichen Gebiete östlich von Fresno zu bauen und dann nach Norden zu den Holz- und Mineralienvorkommen der Sierra-Ausläufer zu gelangen. Damals wurde Hamptonville „Pollasky“ genannt. Die Fertigstellung der Gleise wurde am Mittwoch vor Thanksgiving 1891 mit 3.000 Fresnanern an der Endstation Pollasky gefeiert. Die Eisenbahn nahm im Januar 1892 ihren offiziellen Betrieb auf.
Das erste Betriebsjahr der Eisenbahn fiel mit den Anfängen eines tiefen wirtschaftlichen Niedergangs zusammen. Die Landwirte waren nicht in der Lage, ihre Ernten gewinnbringend zu verkaufen, Banken und Eisenbahnen scheiterten landesweit. Die SJVRR war nicht in der Lage, ausreichende Einnahmen zu erzielen, um ihre Schulden zu begleichen, wurde an die Southern Pacific Railroad verpachtet und 1893 von der SPRR aufgekauft. Durch die Reduzierung des Fahrplans und die Senkung der Kosten gelang es der Southern Pacific Railroad, in den ersten Jahren nach der Übernahme einen kleinen Gewinn zu erwirtschaften.
Zur gleichen Zeit, als die Eisenbahn geplant wurde, begann eine Gruppe von Holzfällern aus Michigan mit dem Erwerb von Tausenden von Hektar Holz in der Sierra Nevada etwa 75 Meilen nordöstlich von Fresno. Sie bauten einen Damm über den Stevenson Creek, um einen See zu schaffen, der es ihnen ermöglichen sollte, frisch geschlagenes Holz zu einer Mühle am See zu transportieren. Anschließend wurde eine 68 km lange, 7,6 m hohe, V-förmige Wasserrinne gebaut, die am Fuß des Damms begann. Das im Werk grob zugeschnittene Holz wurde in die Kanalisation geladen und auf dem Wasserweg zu einem Hobelwerk östlich des Bahnhofs von Clovis transportiert, wo sich heute das Clovis Rodeo und die Clark Intermediate School befinden. Das Sägewerk und der Rangierbahnhof verfügten über ein eigenes Schienennetz, mit dem das Holz um den Rangierbahnhof herum transportiert und an die SJVRR südlich des Bahnhofs von Clovis angeschlossen wurde.
Die Fertigstellung der Holzrutsche im Jahr 1894 und die Aufnahme des Sägewerksbetriebs gaben den Anstoß für die weitere Entwicklung des Gebiets um den Bahnhof von Clovis. Die Stadt nahm allmählich Gestalt an, als die Angestellten des Holzplatzes Häuser in der Nähe ihres Arbeitsplatzes bauten. Dienstleistungsbetriebe, Kirchen und Schulen wurden notwendig, und die Stadt entstand. Das erste Postamt in Clovis wurde 1895 eröffnet. In einem Zeitungsartikel aus dem Jahr 1896 wird die Einwohnerzahl der Stadt mit fast 500 angegeben.
Clovis wurde im Februar 1912 als Stadt gegründet. Die wichtigsten Straßen im Stadtzentrum wurden nach den Beamten der Eisenbahn benannt. Die Fulton Street hieß später Front Street, dann Main Street und ist heute die Clovis Avenue.
Das Sägewerk brannte 1914 ab und wurde nicht wiederaufgebaut. Auf dem Gelände befinden sich heute die Clark Intermediate School und das Clovis Rodeo-Gelände. Clovis hat eine lange Geschichte als Westernstadt, die für ihren Slogan „Clovis – A Way of Life“ bekannt ist. Seit 1914 findet das Clovis Rodeo am letzten Wochenende im April statt, mit einer Parade am Samstagmorgen, gefolgt vom Rodeo am Nachmittag und dem ganztägigen Sonntag. Zum „Clovis way of life“ tragen auch eine Reihe von Straßenfesten bei, darunter die Big Hat Days, das ClovisFest und der wöchentliche Friday Night Farmer’s Market, der jedes Jahr zwischen Mitte Mai und Mitte September stattfindet.
Das letzte erhaltene Bauwerk der Eisenbahn ist ein Depot, das heute in der Nähe des ursprünglichen Bahnhofs von Clovis steht. Die frühesten Fotos aus dem Jahr 1910 zeigen das Depot vor dem Weingut Tarpey südlich der Kreuzung von Ashlan und Clovis Avenues. Im Jahr 1999 wurde es an seinen heutigen Standort im Stadtzentrum, an der nordöstlichen Ecke von Clovis Avenue und Fourth Street, verlegt und von der Clovis Big Dry Creek Historical Society restauriert, wobei die Finanzierung, die Arbeit und die Materialien von örtlichen Unternehmen und Bauunternehmern gespendet wurden.
Marcus Pollasky war ein Rechtsanwalt, der in Michigan geboren wurde und in Chicago lebte, bevor er nach Fresno kam. Im Laufe seines Lebens versuchte er, mehrere ähnliche Projekte wie die SJVRR zu verwirklichen, darunter Projekte in Eureka, Kalifornien, Virginia, Michigan und Oklahoma. Nur wenige davon wurden tatsächlich gebaut. 1896 verklagte Pollasky Collis P. Huntington vor einem Gericht in Los Angeles wegen des Geldes, das er in Fresno verloren hatte, „während er mit dem Beklagten Huntington ein Joint Venture einging“. Es wird seit langem spekuliert, dass Pollasky ein Agent der Southern Pacific war, und diese „Joint Venture“-Klage scheint dies zu beweisen.
Viele Gebäude im Stadtkern wurden renoviert. Ältere Fassaden an der Clovis Avenue, der Hauptstraße, die durch die Stadt führt, wurden restauriert, und neue Gebäude wurden mit Fassaden entworfen, die denen aus dem frühen 20. Das historische Zentrum wurde als „Old Town Clovis“ wiedergeboren.