Der ursprüngliche Zweck des Einsperrens einer Person in ein Gefängnis war nicht ihre Bestrafung, sondern ein Mittel, um den Täter eines Verbrechens festzuhalten, bis die eigentliche Bestrafung vollzogen werden konnte. Dies geschah in der Regel in Form einer körperlichen Bestrafung, die dem Schuldigen Schmerzen zufügen sollte, z. B. durch Schläge mit der Peitsche, oder durch die Todesstrafe, bei der eine Vielzahl von Methoden angewandt wurde, um das Leben der Verurteilten zu fordern.
London ist als Geburtsort des modernen Gefängnisses bekannt. Ein Philosoph namens Jeremy Bentham war gegen die Todesstrafe und entwarf daher ein Konzept für ein Gefängnis, in dem Gefangene zur Bestrafung festgehalten werden sollten. Bentham entwarf Pläne für eine Einrichtung, in der die Gefangenen über längere Zeiträume untergebracht werden sollten. Sein Entwurf sollte sicherstellen, dass die Eingesperrten nie wissen, ob sie von Wächtern beobachtet werden oder nicht, was seiner Meinung nach dem Gefängnis Einsparungen ermöglichen würde. Da die Insassen nicht sicher sein konnten, wie viele Wächter anwesend waren, so Benthams Überlegung, müssten weniger Beamte eingestellt werden, um den Frieden zu wahren. Letztendlich wurde dieses Gefängnis nie gebaut, aber das Konzept, Gefängnisse als eine Form der Langzeitbestrafung zu nutzen, setzte sich durch.
Im 19. Jahrhundert wurden Gefängnisse ausschließlich zu dem Zweck gebaut, Insassen unterzubringen. Sie sollten die Menschen davon abhalten, Verbrechen zu begehen. Menschen, die verschiedener Verbrechen für schuldig befunden wurden, wurden in diese Zuchthäuser geschickt und ihrer persönlichen Freiheiten beraubt. Die Insassen wurden oft gezwungen, während ihrer Inhaftierung schwere Arbeit zu verrichten und unter sehr harten Bedingungen zu leben. Schon bald wurde eines der Ziele einer Gefängnisstrafe die Rehabilitation der Insassen. Viele Menschen waren der Meinung, dass die Angst vor dem Einsperren ausreicht, um einen Häftling davon abzuhalten, ein weiteres Verbrechen zu begehen, aber andere Theorien vertraten die Ansicht, dass Maßnahmen eingeführt werden sollten, um die Häftlinge zu reformieren, bevor sie auf freien Fuß gesetzt werden. Zu diesen Maßnahmen gehören psychologische Untersuchungen, Erziehungsprogramme und manchmal sogar weitaus drastischere Maßnahmen wie die Elektroschocktherapie. Ein gegenteiliger Standpunkt zu den rehabilitierenden Wirkungen der Inhaftierung behauptet, dass die Inhaftierung die Menschen sogar noch mehr in ein kriminelles Leben verwickelt, weil sie so sehr in eine kriminelle Gesellschaft hineingezogen werden, während sie mit anderen Insassen zusammenleben. Ungeachtet dieser widersprüchlichen Meinungen über die Rehabilitation von Kriminellen ist die Inhaftierung nach wie vor eine der häufigsten Formen der Bestrafung auf der ganzen Welt.