Über 123 Arten der Süßwasserfauna sind seit 1900 in Nordamerika ausgestorben. Von den nordamerikanischen Süßwasserarten sind schätzungsweise 48,5 % der Muscheln, 22,8 % der Schnecken, 32,7 % der Krebse, 25,9 % der Amphibien und 21,2 % der Fische entweder gefährdet oder vom Aussterben bedroht. Die Aussterberate vieler Arten könnte bis ins nächste Jahrhundert hinein stark ansteigen, und zwar aufgrund invasiver Arten, des Verlusts von Schlüsselarten und von Arten, die bereits funktionell ausgestorben sind (z. B. Arten, die sich nicht mehr fortpflanzen). Selbst bei vorsichtigen Schätzungen ist das Aussterben von Süßwasserfischen in Nordamerika 877-mal höher als die Hintergrundaussterberate (1 in 3.000.000 Jahren). Die prognostizierten Aussterberaten für Süßwassertiere sind etwa fünfmal höher als für Landtiere und vergleichbar mit den Raten für Regenwaldgemeinschaften. Angesichts des katastrophalen Zustands der Artenvielfalt im Süßwasser hat ein Team von Wissenschaftlern und Praktikern aus der ganzen Welt kürzlich einen Notfallplan zur Wiederherstellung der Artenvielfalt im Süßwasser ausgearbeitet.
BioCurrent freshwater biomonitoring techniques focus primarily on community structure, but some programs measure functional indicators like biochemical (or biological) oxygen demand, sediment oxygen demand, and dissolved oxygen. Die Struktur der Makroinvertebraten-Gemeinschaften wird häufig überwacht, da sie eine vielfältige Taxonomie aufweisen, einfach zu sammeln sind, empfindlich auf eine Reihe von Stressfaktoren reagieren und einen hohen Wert für das Ökosystem haben. Darüber hinaus wird die Struktur der Algengemeinschaft (oft unter Verwendung von Kieselalgen) in Biomonitoring-Programmen gemessen. Algen sind auch taxonomisch vielfältig, lassen sich leicht sammeln, reagieren empfindlich auf eine Reihe von Stressfaktoren und sind insgesamt wertvoll für das Ökosystem. Algen wachsen sehr schnell, und die Gemeinschaften können schnelle Veränderungen der Umweltbedingungen widerspiegeln.
Zusätzlich zur Struktur der Gemeinschaften werden die Reaktionen auf Stressfaktoren im Süßwasser durch experimentelle Studien untersucht, bei denen Verhaltensänderungen der Organismen, veränderte Wachstums-, Reproduktions- oder Sterblichkeitsraten gemessen werden. Experimentelle Ergebnisse an einzelnen Arten unter kontrollierten Bedingungen spiegeln nicht immer die natürlichen Bedingungen und artenreichen Gemeinschaften wider.
Die Verwendung von Referenzstandorten ist üblich, wenn es darum geht, die idealisierte „Gesundheit“ eines Süßwasserökosystems zu definieren. Referenzstandorte können räumlich ausgewählt werden, indem Standorte mit minimalen Auswirkungen menschlicher Störungen und Einflüsse gewählt werden. Referenzbedingungen können jedoch auch zeitlich festgelegt werden, indem konservierte Indikatoren wie Kieselalgenklappen, Makrophytenpollen, Insektenchitin und Fischschuppen verwendet werden, um die Bedingungen vor großflächigen menschlichen Eingriffen zu bestimmen. Diese zeitlichen Referenzbedingungen sind in stehenden Gewässern oft leichter zu rekonstruieren als in fließenden Gewässern, da stabile Sedimente biologische Indikatormaterialien besser erhalten können.