Sie können SMART in zwei verschiedenen Modi verwenden: normal oder genomisch. Der Hauptunterschied liegt in der zugrunde liegenden Proteindatenbank. Bei normalem SMART enthält die Datenbank Swiss-Prot, SP-TrEMBL und stabile Ensembl-Proteome. Bei Genomic SMART werden nur die Proteome von vollständig sequenzierten Genomen verwendet; Ensembl für Metazoen und Swiss-Prot für den Rest. Die vollständige Liste der Genome in Genomic SMART ist hier verfügbar.
Die Proteindatenbank in Normal SMART weist eine erhebliche Redundanz auf, auch wenn identische Proteine entfernt werden. Wenn Sie SMART verwenden, um Domänenarchitekturen zu erforschen, oder wenn Sie die genaue Anzahl der Domänen in verschiedenen Genomen finden möchten, sollten Sie in den Genomic-Modus wechseln. Die Zahlen auf den Seiten mit den Domänenannotationen sind dann genauer, und es gibt nicht so viele Proteinfragmente, die demselben Gen entsprechen, in den Ergebnissen der Architekturabfrage. Denken Sie jedoch daran, dass Sie nur eine begrenzte Anzahl von Genomen erforschen.
Die verschiedenen Farbschemata werden verwendet, um den Modus, in dem Sie sich befinden, leicht zu erkennen.
| Normaler Modus | Genomischer Modus |
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