Les pangolins sont solitaires, la plupart sont nocturnes et très secrets ; il est donc difficile pour les scientifiques de les étudier dans la nature, et de nombreux mystères subsistent sur leur comportement et leurs habitudes. Certaines espèces de pangolins, comme le pangolin chinois, dorment dans des terriers souterrains pendant la journée, et d’autres, comme les pangolins à ventre noir et les pangolins de Sunda, sont connus pour dormir dans les arbres. Ils sortent le soir pour chercher des insectes. Les pangolins sont bien adaptés pour creuser : ils creusent des terriers avec leurs fortes pattes avant et leurs griffes, en utilisant leur queue et leurs pattes arrière pour se soutenir et s’équilibrer. Pour creuser des tunnels sous terre, ils creusent les côtés et les toits des passages en poussant vers le haut et d’un côté à l’autre avec leurs corps aux écailles résistantes. Ils utilisent leurs pattes avant et arrière pour repousser la terre accumulée vers l’entrée du terrier et expulsent vigoureusement la terre de l’entrée jusqu’à un mètre ou plus.
Les pangolins chinois des régions tempérées passent les mois d’hiver dans des terriers profonds. Les terriers d’hiver sont stratégiquement creusés près des nids de termites qui constituent une source de nourriture durable. Dans la légende chinoise, on dit que les pangolins voyagent tout autour du monde sous terre, et dans la langue cantonaise, le nom des pangolins se traduit par « l’animal qui creuse à travers la montagne », ou « Chun-shua-cap », qui se traduit par « hill-borer écailleux ».
Si les espèces de pangolins partagent de nombreuses caractéristiques et habitudes, il existe aussi des différences. Les pangolins à ventre blanc sont des grimpeurs d’arbres arboricoles, tandis que les pangolins terrestres sont des habitants terrestres du sol. Et certains, dont les quatre espèces asiatiques, sont opportunistes et peuvent se nourrir aussi bien dans les arbres que sur le sol. Les pangolins indiens que l’on trouve au Sri Lanka vivraient dans la canopée de la forêt tropicale, là où se trouvent les fruits et les fleurs qui attirent les fourmis, plutôt qu’au niveau du sol où il fait très sombre et où l’approvisionnement en nourriture est limité. Certaines espèces de pangolins ont même une queue semi-préhensile – ils peuvent s’agripper et se suspendre aux branches avec leur queue, ce qui les aide à grimper.
Les écailles des pangolins constituent une bonne défense contre les prédateurs. Lorsqu’ils sont menacés, les pangolins peuvent rapidement se mettre en boule, protégeant ainsi leurs parties inférieures sans défense. Ils dissuadent également les prédateurs en sifflant et en soufflant, et en fouettant leurs queues aux bords tranchants. Les pangolins, qui dépendent de leur odorat puissant, identifient leur territoire en marquant leur odeur avec de l’urine et les sécrétions d’une glande spéciale, et en dispersant des excréments. Les scientifiques soupçonnent que ces odeurs annoncent la dominance et le statut sexuel, et peuvent également aider les individus à se reconnaître entre eux.