La ville de Clovis a commencé comme un arrêt de fret le long du chemin de fer de la vallée de San Joaquin. Organisée le 15 janvier 1890 par les hommes d’affaires de Fresno Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H.D. Colson, John D. Gray et William M. Williams, en partenariat avec le spéculateur ferroviaire du Michigan Marcus Pollasky, la SJVRR a commencé sa construction à Fresno le 4 juillet 1891 et a atteint les terres agricoles de Clovis M. Cole et George Owen en octobre de la même année. Le chemin de fer a acheté un droit de passage aux deux fermiers, la moitié de chacun – le côté est de Cole et le côté ouest d’Owen – et a fait passer des rails le long de la frontière entre les deux propriétés. Le chemin de fer accepte d’établir une gare du côté ouest des voies et de l’appeler « Clovis ». La station Clovis, qui a été nommée d’après Clovis Cole, a été positionnée du côté Owen de la voie.
Cole et Owen ont ensuite vendu des terres à Marcus Pollasky pour le développement d’un townsite. L’ingénieur civil de Fresno, Ingvart Tielman, a cartographié le lotissement pour le compte de Pollasky le 29 décembre 1891. Le lotissement initial comportait des rues nommées en l’honneur des dirigeants et des principaux investisseurs du chemin de fer : (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun et (O. D.) Baron. Le lotissement, nommé « Clovis » d’après Clovis Station par Pollasky, a été aménagé sur ce qui était à l’origine la terre d’Owen.
Le chemin de fer a été achevé jusqu’à la ville de Hamptonville (aujourd’hui Friant) sur les rives de la rivière San Joaquin, à seulement 26 miles (42 km) de son point d’origine à Fresno. Les articles d’incorporation du San Joaquin Valley Railroad indiquent que la société avait l’intention de construire 100 miles de voies ferrées, y compris les voies d’évitement et les embranchements, à travers les terres agricoles à l’est de Fresno, puis au nord vers les ressources forestières et minérales des contreforts de la Sierra. À l’époque, Hamptonville s’appelait « Pollasky ». Une célébration de l’achèvement de la pose des voies a eu lieu au terminus de Pollasky le mercredi avant Thanksgiving 1891, en présence de 3 000 Fresniens. Le chemin de fer a commencé à fonctionner officiellement en janvier 1892.
La première année d’exploitation du chemin de fer a coïncidé avec les débuts d’un profond déclin économique national. Les agriculteurs étaient incapables d’obtenir un rendement rentable sur leurs récoltes, les banques et les chemins de fer faisaient faillite dans tout le pays. Le SJVRR, incapable de générer des revenus suffisants pour rembourser sa dette, est loué au Southern Pacific Railroad, puis racheté par SPRR en 1893. En réduisant le calendrier d’exploitation du chemin de fer et en rognant sur les coûts, la Southern Pacific a pu réaliser un petit bénéfice au cours des premières années suivant son acquisition.
Au même moment où le chemin de fer était en cours de planification, un groupe de bûcherons du Michigan a commencé à acquérir des milliers d’acres de bois dans la Sierra Nevada, à environ 75 miles au nord-est de Fresno. Un barrage a été construit sur Stevenson Creek pour créer un lac qui leur permettrait de transporter le bois fraîchement coupé vers un moulin situé à côté du lac. Ils ont ensuite construit un canal en forme de V de 68 km de long et de 7,6 m de haut, qui partait du pied du barrage. Lorsque le bois était coupé grossièrement à l’usine, il était chargé dans le canal et propulsé par l’eau jusqu’à une usine de rabotage à l’est de la gare de Clovis, où se trouvent aujourd’hui le Clovis Rodeo et la Clark Intermediate School. La scierie et la cour possédaient leur propre réseau de rails pour déplacer le bois autour de la cour et pour se connecter au SJVRR juste au sud de la gare de Clovis.
L’achèvement en 1894 de la flûte à bois et le début des opérations de la scierie ont donné l’impulsion pour un développement supplémentaire de la zone autour de la gare de Clovis. La ville a commencé à prendre forme lorsque les employés du chantier ont construit des maisons à proximité de leur lieu de travail. Des entreprises de services, des églises et des écoles sont devenues nécessaires, et la ville a vu le jour. Le premier bureau de poste de Clovis a ouvert en 1895. Un article de journal de 1896 décrit la ville comme ayant une population approchant les 500 citoyens.
Clovis a été constituée en ville en février 1912. Les principales rues du centre-ville ont été nommées en fonction des officiers du chemin de fer. La rue Fulton fut plus tard nommée Front Street, puis Main Street, et est maintenant Clovis Avenue.
La scierie a brûlé en 1914 et n’a pas été reconstruite. Les terrains sont aujourd’hui occupés par la Clark Intermediate School et le Clovis Rodeo Grounds. Clovis a une longue histoire en tant que ville de l’Ouest connue pour son slogan, « Clovis – A Way of Life ». Depuis 1914, le rodéo de Clovis a lieu le dernier week-end d’avril, avec une parade le samedi matin, suivie du rodéo l’après-midi et toute la journée du dimanche. Contribuent également au « mode de vie de Clovis » un certain nombre de festivals de rue, notamment Big Hat Days, ClovisFest, et le marché hebdomadaire des fermiers du vendredi soir qui se tient entre la mi-mai et la mi-septembre chaque année.
La dernière structure survivante construite par le chemin de fer est un dépôt aujourd’hui situé près du site de la gare originale de Clovis. Les plus anciennes photos, datant d’environ 1910, montrent le dépôt situé devant le domaine viticole Tarpey, au sud de l’intersection des avenues Ashlan et Clovis. En 1999, il a été déplacé à son emplacement actuel dans le centre de la ville, à l’angle nord-est de Clovis Avenue et de Fourth Street, et a été restauré par la Clovis Big Dry Creek Historical Society grâce au financement, à la main-d’œuvre et aux matériaux donnés par des entreprises et des entrepreneurs locaux.
Marcus Pollasky était un avocat, né dans le Michigan, vivant à Chicago juste avant de venir à Fresno. Tout au long de sa vie, il a essayé de créer plusieurs projets similaires au SJVRR, notamment à Eureka, en Californie, en Virginie, au Michigan et en Oklahoma. Peu d’entre eux ont été construits. En 1896, Pollasky a poursuivi Collis P. Huntington devant les tribunaux de Los Angeles pour l’argent qu’il avait perdu à Fresno, « alors qu’il était engagé dans une entreprise commune avec le défendeur, Huntington ». On a longtemps supposé que Pollasky était un agent de la Southern Pacific, et ce procès en « joint venture » semble prouver ce point.
De nombreux bâtiments du cœur de la ville ont été rénovés. Les anciennes façades des magasins de Clovis Avenue, la rue principale qui traverse la ville, ont été restaurées et les nouveaux bâtiments ont été conçus avec des façades qui ressemblent à celles que l’on trouvait au début du 20e siècle. Le centre historique a été renommé « Old Town Clovis ».