Jackson a été repêché au deuxième tour (37e au total) de la draft NBA 1997 par les Golden State Warriors. Parce qu’il est tombé au deuxième tour, Jackson a choisi de commencer sa carrière professionnelle en Europe afin de gagner plus d’argent pour soutenir sa mère et son jeune frère et mieux développer ses compétences avant d’entrer dans la NBA. Il a passé trois ans à l’étranger, jouant pour Tofaş Bursa (Turquie), Lobos Caja Cantabria (Espagne) et Lobos Cantabria (Espagne), avant de revenir aux États-Unis et de faire ses débuts avec les Warriors en 2000.
Jackson a eu un impact immédiat pour les Warriors, menant toutes les recrues en termes de points et de rebonds, tout en restant près du haut de la liste en termes de pourcentages de tirs au but et de lancers francs. Il a été nommé dans l’équipe All-Rookie et a terminé troisième dans le vote pour le titre de Rookie of the Year. En tant qu’agent libre restreint à la fin de la saison, Jackson a signé une offre de six ans et 24,375 millions de dollars avec les Houston Rockets, que les Warriors ont égalée. Malgré le succès de Jackson, il était coincé derrière Adonal Foyle, Danny Fortson et Erick Dampier sur le tableau de profondeur de Golden State, et a exprimé son mécontentement à l’égard du front office des Warriors qui a égalé l’offre, plutôt que de lui permettre d’obtenir plus de temps de jeu ailleurs.
À la date limite des échanges de la NBA en 2002, les Warriors ont échangé Jackson aux Timberwolves du Minnesota, pour jouer aux côtés de Kevin Garnett. Le 23 juillet 2003, il est échangé aux Philadelphia 76ers, sa ville natale, dans une transaction à quatre équipes. Il manque 57 matchs pour cause de blessure lors de sa première saison à Philadelphie, mais rebondit l’année suivante en menant l’équipe aux rebonds et en étant deuxième aux points, pour aider les Sixers à retourner en playoffs. Pendant son séjour à Philadelphie, il a partagé son temps entre les positions de centre et d’attaquant de puissance.
Le 9 août 2005, Jackson a été échangé aux Nets du New Jersey après qu’un accord pour faire venir Shareef Abdur-Rahim des Trail Blazers de Portland aux Nets soit tombé à l’eau. Avant la date limite des échanges 2005-2006, les Nets l’ont échangé contre les New Orleans Hornets. En 2007, il a signé avec l’équipe de la Ligue grecque Olympiacos, mais a été libéré après ne pas s’être adapté au système du nouvel entraîneur de l’équipe, Panagiotis Giannakis. En août 2008, Jackson a signé avec l’UNICS Kazan de la Super League russe, et il a annoncé sa retraite peu après avoir signé avec l’Obradoiro CAB en 2009.