Az édesvízi állatvilág több mint 123 faja halt ki Észak-Amerikában 1900 óta. Az észak-amerikai édesvízi fajok közül a kagylók 48,5%-a, a csigák 22,8%-a, a rákok 32,7%-a, a kétéltűek 25,9%-a és a halak 21,2%-a veszélyeztetett vagy veszélyeztetett. A következő évszázadban számos faj kihalási aránya jelentősen növekedhet az invazív fajok, a kulcsfajok elvesztése és a funkcionálisan már kihalt fajok (pl. a nem szaporodó fajok) miatt. Az édesvízi halak kihalási aránya Észak-Amerikában még óvatos becslésekkel számolva is 877-szer nagyobb, mint a háttérben lévő kihalási arány (3 000 000 évenként 1). Az édesvízi állatok várható kihalási aránya körülbelül ötször nagyobb, mint a szárazföldi állatoké, és hasonló az esőerdei közösségek kihalási arányához. Tekintettel az édesvízi biológiai sokféleség szörnyű állapotára, egy, a világ minden tájáról származó tudósokból és szakemberekből álló csoport nemrégiben vészhelyzeti cselekvési tervet dolgozott ki az édesvízi biológiai sokféleség helyreállításának megkísérlésére.
BioA jelenlegi édesvízi biomonitorozási technikák elsősorban a közösség szerkezetére összpontosítanak, de néhány program olyan funkcionális mutatókat is mér, mint a biokémiai (vagy biológiai) oxigénigény, az üledék oxigénigénye és az oldott oxigén. A makrogerinctelenek közösségi szerkezetét általában a változatos taxonómia, a könnyű gyűjtés, a különböző stresszorokra való érzékenység és az ökoszisztéma általános értéke miatt monitorozzák. Emellett a biomonitoring programok során az algaközösség szerkezetét is mérik (gyakran diatómák segítségével). Az algák taxonómiailag szintén sokfélék, könnyen gyűjthetők, számos stresszorra érzékenyek, és összességében értékesek az ökoszisztéma számára. Az algák nagyon gyorsan növekednek, és a közösségek a környezeti feltételek gyors változásait reprezentálhatják.
A közösségi szerkezet mellett az édesvízi stresszorokra adott válaszokat olyan kísérleti vizsgálatokkal vizsgálják, amelyek az élőlények viselkedési változásait, a növekedés, a szaporodás vagy a pusztulás megváltozott ütemét mérik. Az egyes fajokon, ellenőrzött körülmények között végzett kísérleti eredmények nem mindig tükrözik a természetes körülményeket és a több fajból álló közösségeket.
A referenciahelyek használata gyakori az édesvízi ökoszisztémák idealizált “egészségének” meghatározásakor. A referenciahelyeket térbelileg úgy lehet kiválasztani, hogy olyan helyeket választanak, ahol az emberi zavarás és befolyás minimális. A referenciaállapotokat azonban időben is meg lehet határozni olyan megőrzött indikátorok felhasználásával, mint például a diatóma szelepek, makrofita pollenek, rovarok kitinje és halpikkelyek, amelyek segítségével meghatározhatók a nagymértékű emberi zavarás előtti állapotok. Ezeket az időbeli referenciaállapotokat gyakran könnyebb rekonstruálni állóvizekben, mint mozgó vizekben, mivel a stabil üledékek jobban megőrzik a biológiai indikátoranyagokat.