Clovis városa a San Joaquin Valley Railroad teherpályaudvaraként indult. A fresnói üzletemberek, Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H. D. Colson, John D. Gray és William M. Williams 1890. január 15-én szervezték meg, Marcus Pollasky michigani vasúti spekuláns partnerségével. 1891. július 4-én az SJVRR építése Fresnóban kezdődött, és még az év októberére elérte Clovis M. Cole és George Owen mezőgazdasági területeit. A vasút mindkét gazdálkodótól megvásárolta az útjogot, mindkét gazdálkodótól fele-fele arányban – a keleti oldalt Cole-tól, a nyugati oldalt Owentől -, és a síneket a két birtok közötti határvonalon vezette. A vasút beleegyezett, hogy a sínek nyugati oldalán állomást létesítsen, és azt “Clovis”-nak nevezze el. A Clovis állomást, amelyet Clovis Cole-ról neveztek el, a sínek Owen felőli oldalán helyezték el.
Cole és Owen később földet adott el Marcus Pollaskynak egy városrész kialakítása céljából. Ingvart Tielman fresnói építőmérnök 1891. december 29-én Pollasky megbízásából feltérképezte a települést. Az eredeti városrészben a vasút tisztviselőiről és fő befektetőiről elnevezett utcák voltak: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun és (O. D.) Baron. A Pollasky által Clovis Station után “Clovis”-nak nevezett települést az eredetileg Owen földjén alakították ki.
A vasút egészen Hamptonville (ma Friant) városáig készült el a San Joaquin folyó partján, mindössze 26 mérföldre (42 km) a kiindulóponttól, Fresnótól. A San Joaquin Valley Railroad alapító okiratából kiderül, hogy a társaság 100 mérföldnyi pályát akart építeni, mellékvágányokkal és kitérőkkel együtt, a Fresnótól keletre fekvő mezőgazdasági területeken keresztül, majd északra, a Sierra előhegyeinek fakitermelési és ásványkincs-forrásaihoz. Abban az időben Hamptonville-t “Pollasky”-nak hívták. A Pollasky végállomáson 1891-ben, a hálaadás előtti szerdán tartották a pályaépítés befejezésének ünnepségét, amelyen állítólag 3000 fresnai vett részt. A vasút 1892 januárjában kezdte meg hivatalos működését.
A vasút működésének első éve egybeesett a mély gazdasági hanyatlás kezdetével. A gazdák nem tudtak nyereséges hozamot elérni terményeikből, a bankok és a vasutak országszerte csődbe mentek. Az SJVRR nem tudott elegendő bevételt termelni ahhoz, hogy kifizesse adósságát, ezért bérbe adták a Southern Pacific Railroadnak, majd 1893-ban az SPRR megvásárolta. A vasút menetrendjének csökkentésével és a költségek megnyirbálásával a Southern Pacific a felvásárlást követő első években kis nyereséget tudott termelni.
A vasút tervezésével egy időben egy michigani favágókból álló csoport több ezer hektárnyi fát kezdett vásárolni a Sierra Nevadában, Fresnótól mintegy 75 mérföldre északkeletre. Egy gátat építettek a Stevenson Creek-en, hogy létrehozzanak egy tavat, amely lehetővé teszi számukra, hogy a frissen vágott fát a tó melletti malomba szállítsák. Ezután egy 42 mérföld (68 km) hosszú, 25 láb (7,6 m) magas, V alakú csatornát építettek, amely a gát lábánál kezdődött. Ahogy a fűrészárut a malomban durván kivágták, azt a csatornába töltötték, és a víz a Clovis vasútállomástól keletre lévő gyalufűrészüzembe szállította, ahol ma a Clovis Rodeo és a Clark Intermediate School található. A fűrészmalomnak és a raktárnak saját sínhálózata volt a faanyag szállítására a raktár körül, valamint a Clovis állomástól délre lévő SJVRR vasútvonalhoz való csatlakozásra.
A faanyagcsatorna 1894-es befejezése és a malom működésének megkezdése lendületet adott a Clovis állomás körüli terület további fejlődésének. A város kezdett formát ölteni, mivel a fatelep dolgozói a munkahelyükhöz közel építettek házakat. Szükségessé váltak a szolgáltató vállalkozások, a templomok és az iskolák, és megkezdődött a városépítés. Clovis első postahivatala 1895-ben nyílt meg. Egy 1896-os újságcikk szerint a város lakossága megközelítette az 500 főt.
Clovist 1912 februárjában várossá nyilvánították. A városközpont főbb utcáit a vasúttisztviselőkről nevezték el. A Fulton Streetet később Front Streetnek, majd Main Streetnek nevezték el, és ma Clovis Avenue.
A fűrészmalom 1914-ben leégett, és nem építették újjá. A területet ma a Clark Intermediate School és a Clovis Rodeo Grounds foglalja el. Clovis hosszú múltra tekint vissza, mint westernváros, amely a “Clovis – A Way of Life” szlogenjéről ismert. A Clovis Rodeót 1914 óta április utolsó hétvégéjén rendezik meg, szombat délelőtt felvonulással, majd délután és vasárnap egész nap rodeóval. A “Clovis way of life”-hoz számos utcai fesztivál is hozzájárul, köztük a Big Hat Days, a ClovisFest és a heti péntek esti termelői piac, amelyet minden évben május közepe és szeptember közepe között tartanak.
A vasút által épített utolsó fennmaradt épület a depó, amely ma az eredeti Clovis Station közelében található. A legkorábbi, 1910 körül készült fényképeken a depó az Ashlan és Clovis Avenues kereszteződésétől délre, a Tarpey borászat előtt található. 1999-ben áthelyezték a jelenlegi helyére, a városközpontba, a Clovis Avenue és a Fourth Street északkeleti sarkára, és a Clovis Big Dry Creek Történelmi Társaság a helyi vállalkozások és vállalkozók által felajánlott finanszírozással, munkaerővel és anyagokkal állította helyre.
Marcus Pollasky ügyvéd volt, Michiganben született, és Chicagóban élt, mielőtt Fresnóba jött. Élete során több, az SJVRR-hez hasonló projektet próbált létrehozni, többek között Eurekában, Kaliforniában, Virginiában, Michiganben és Oklahomában. Valójában csak kevés épült meg. 1896-ban Pollasky beperelte Collis P. Huntingtont a Los Angeles-i bíróságon a Fresnóban elvesztett pénze miatt, “miközben az alperessel, Huntingtonnal közös vállalkozásban vett részt”. Régóta feltételezik, hogy Pollasky a Southern Pacific ügynöke volt, és ez a “közös vállalkozás” per ezt látszik bizonyítani.
A városmag számos épületét felújították. A Clovis Avenue-n, a városon átvezető főutcán lévő régebbi kirakatokat felújították, az új épületek homlokzatát pedig a 20. század eleji épületekhez hasonlóan alakították ki. A történelmi központ “Old Town Clovis” néven született újjá.