La città di Clovis ha iniziato come una fermata merci lungo la San Joaquin Valley Railroad. Organizzata il 15 gennaio 1890 dagli uomini d’affari di Fresno Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H.D. Colson, John D. Gray e William M. Williams, in collaborazione con lo speculatore ferroviario del Michigan Marcus Pollasky, la SJVRR iniziò la costruzione a Fresno il 4 luglio 1891, e raggiunse i terreni agricoli di Clovis M. Cole e George Owen entro ottobre dello stesso anno. La ferrovia acquistò il diritto di passaggio da entrambi gli agricoltori, metà da ciascuno – il lato est da Cole e il lato ovest da Owen – e fece correre i binari lungo la linea di confine tra le due proprietà. La ferrovia accettò di stabilire una stazione sul lato ovest dei binari e di chiamarla “Clovis”. La stazione Clovis, che prese il nome di Clovis Cole, fu posizionata sul lato Owen dei binari.
Cole e Owen vendettero in seguito del terreno a Marcus Pollasky per lo sviluppo di un sito urbano. L’ingegnere civile di Fresno, Ingvart Tielman, mappò il sito per conto di Pollasky il 29 dicembre 1891. Il sito originale aveva strade che portavano il nome degli ufficiali e dei principali investitori della ferrovia: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun, e (O. D.) Baron. Il sito della città, chiamato “Clovis” dopo Clovis Station da Pollasky, fu tracciato su quella che originariamente era la terra di Owen.
La ferrovia fu completata fino alla città di Hamptonville (ora Friant) sulle rive del fiume San Joaquin, appena 26 miglia (42 km) dal suo punto di origine a Fresno. Gli articoli della costituzione della San Joaquin Valley Railroad indicano che la corporazione intendeva costruire 100 miglia di binari, compresi i raccordi e le derivazioni, attraverso la superficie agricola a est di Fresno, poi a nord verso il legname e le risorse minerarie delle colline della Sierra. All’epoca, Hamptonville era chiamata “Pollasky”. Una celebrazione del completamento della posa dei binari si tenne al capolinea di Pollasky il mercoledì prima del Ringraziamento del 1891 con la partecipazione di 3.000 Fresnani. La ferrovia iniziò a funzionare ufficialmente nel gennaio 1892.
Il primo anno di funzionamento della ferrovia coincise con l’inizio di un profondo declino economico nazionale. Gli agricoltori non erano in grado di ottenere un ritorno redditizio dai loro raccolti, le banche e le ferrovie fallirono a livello nazionale. La SJVRR non era in grado di generare entrate sufficienti per pagare il suo debito, fu affittata alla Southern Pacific Railroad e successivamente acquistata dalla SPRR nel 1893. Riducendo il programma operativo della ferrovia e tagliando i costi, la Southern Pacific fu in grado di realizzare un piccolo profitto nei primi anni dopo la sua acquisizione.
Al tempo stesso in cui la ferrovia veniva progettata, un gruppo di boscaioli del Michigan iniziò ad acquisire migliaia di acri di legname nella Sierra Nevada a circa 75 miglia a nord-est di Fresno. Una diga fu costruita attraverso Stevenson Creek per creare un lago che avrebbe permesso loro di spostare il legname appena tagliato ad un mulino vicino al lago. Hanno poi costruito un canale di 42 miglia (68 km), alto 25 piedi (7,6 m), a forma di V, che iniziava ai piedi della diga. Quando il legname veniva tagliato al mulino, veniva caricato nel canale e spinto dall’acqua verso un mulino a est della stazione ferroviaria di Clovis, dove oggi si trovano il Clovis Rodeo e la Clark Intermediate School. La segheria e il cantiere avevano la propria rete di rotaie per spostare il legname intorno al cantiere e per connettersi con la SJVRR appena a sud della stazione di Clovis.
Il completamento nel 1894 del canale per il legname e l’inizio delle operazioni del mulino hanno fornito l’impulso per un ulteriore sviluppo dell’area intorno alla stazione di Clovis. La città cominciò a prendere forma quando i dipendenti della segheria costruirono case vicino al loro posto di lavoro. Le imprese di servizio, le chiese e le scuole divennero necessarie, e la città fu iniziata. Il primo ufficio postale di Clovis aprì nel 1895. Un articolo di giornale del 1896 descrive la città come avente una popolazione vicina ai 500 cittadini.
Clovis fu incorporata come città nel febbraio 1912. Le strade principali nel centro della città presero il nome degli ufficiali della ferrovia. Fulton Street fu poi chiamata Front Street, poi Main Street, e ora è Clovis Avenue.
La segheria bruciò nel 1914 e non fu ricostruita. Il terreno è ora occupato dalla Clark Intermediate School e dal Clovis Rodeo Grounds. Clovis ha una lunga storia come una città occidentale conosciuta per il suo slogan, “Clovis – A Way of Life”. Dal 1914, il Rodeo di Clovis si tiene l’ultimo fine settimana di aprile, con una parata il sabato mattina, seguita dal rodeo il pomeriggio e tutto il giorno della domenica. Inoltre contribuiscono al “Clovis way of life” un certo numero di festival di strada, tra cui Big Hat Days, ClovisFest, e il settimanale Friday Night Farmer’s Market che si tiene ogni anno tra metà maggio e metà settembre.
L’ultima struttura superstite costruita dalla ferrovia è un deposito ora situato vicino al sito dell’originale Clovis Station. Le prime foto, del 1910 circa, mostrano il deposito situato di fronte alla cantina Tarpey a sud dell’incrocio di Ashlan e Clovis Avenue. Nel 1999 è stato spostato nella sua posizione attuale nel centro della città, all’angolo nord-est di Clovis Avenue e Fourth Street, ed è stato restaurato dalla Clovis Big Dry Creek Historical Society con finanziamenti, manodopera e materiali donati da imprese e imprenditori locali.
Marcus Pollasky era un avvocato, nato nel Michigan, vissuto a Chicago poco prima di venire a Fresno. Durante la sua vita cercò di creare diversi progetti simili alla SJVRR, inclusi progetti in Eureka, California, Virginia, Michigan e Oklahoma. Pochi furono effettivamente costruiti. Nel 1896, Pollasky fece causa a Collis P. Huntington nei tribunali di Los Angeles per i soldi che aveva perso a Fresno, “mentre era impegnato in una joint venture con l’imputato Huntington”. È stato a lungo ipotizzato che Pollasky fosse un agente della Southern Pacific, e questa causa per “joint venture” sembra provare questo punto.
Molti edifici nel centro della città sono stati rinnovati. Le vecchie vetrine di Clovis Avenue, la strada principale che attraversa la città, sono state restaurate e nuovi edifici sono stati progettati con facciate che ricordano quelle dell’inizio del 20° secolo. Il centro storico è rinato come “Old Town Clovis”.