Puoi usare SMART in due diverse modalità: normale o genomica.La differenza principale è nel database proteico sottostante utilizzato. In SMART normale, il database contiene Swiss-Prot, SP-TrEMBL e proteomi Ensembl stabili. In Genomic SMART, vengono utilizzati solo i proteomi di genomi completamente sequenziati; Ensembl per i metazoi e Swiss-Prot per il resto. L’elenco completo dei genomi in Genomic SMART è disponibile qui.
Il database delle proteine in Normal SMART ha una ridondanza significativa, anche se le proteine identiche vengono rimosse. Se usi SMART per esplorare le architetture di dominio, o vuoi trovare il numero esatto di domini in vari genomi, considera di passare alla modalità Genomic. I numeri nelle pagine di annotazione dei domini saranno più accurati, e non ci saranno molti frammenti di proteine corrispondenti allo stesso gene nei risultati della query di architettura. Ricorda che stai esplorando un insieme limitato di genomi, però.
Sono usati diversi schemi di colore per identificare facilmente la modalità in cui ti trovi.
| Modalità normale | Modalità genomica |
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