1900年以降、北米では123種以上の淡水動物が絶滅しました。 北米の淡水種のうち、ムール貝の48.5%、腹足類の22.8%、ザリガニの32.7%、両生類の25.9%、魚類の21.2%が絶滅寸前または絶滅の危機にあると推定されている。 侵略的な種、基幹種の損失、すでに機能的に絶滅した種（繁殖しない種など）により、多くの種の絶滅率は次の世紀に向けて深刻に増加する可能性があります。 控えめに見積もっても、北米の淡水魚の絶滅率はバックグラウンドの絶滅率（300万年に1度）の877倍である。 淡水動物の絶滅率は陸上動物の約5倍であり、熱帯雨林の生物群集の絶滅率に匹敵すると予測されている。 このような淡水の生物多様性の危機的状況を踏まえ、世界中の科学者と実務家からなるチームは、最近、淡水の生物多様性の回復を試みるための緊急行動計画を起草しました。
生物現在の淡水生物モニタリング技術は主に群集構造に焦点を当てていますが、一部のプログラムでは生化学的（または生物学的）酸素需要、堆積物酸素需要、溶存酸素などの機能的指標を測定しています。 マクロ無脊椎動物の群集構造は、多様な分類群、収集の容易さ、様々なストレス要因に対する感受性、生態系に対する全体的な価値から、一般的にモニタリングされている。 さらに、藻類群集構造（多くの場合、珪藻類を使用）は、バイオモニタリングプログラムで測定される。 藻類も分類学的に多様で、収集が容易で、様々なストレス要因に敏感であり、生態系にとって全体的に価値がある。
群集構造に加えて、淡水ストレス要因に対する応答は、生物の行動変化、成長率、繁殖率、死亡率の変化を測定する実験研究によって調査されている。 管理された条件下での単一種の実験結果は、必ずしも自然条件や複数種の群集を反映しているとは限らない。
淡水生態系の理想的な「健全さ」を定義する場合、基準地の利用が一般的である。 基準地点は、人間の撹乱や影響による影響を最小限に抑えた場所を選ぶことによって、空間的に選択することができます。 しかし、基準地点は、珪藻の殻、大型植物の花粉、昆虫のキチン質、魚のうろこなどの保存された指標を用いて、大規模な人間による撹乱以前の状態を判断することによっても、時間的に確立することができる。 これらの時間的基準条件は、安定した堆積物が生物学的指標物質をよりよく保存できるため、動いている水よりも止まっている水の方が再構築しやすいことが多い
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