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NSAIDsで効果が不十分な場合は、疾患修飾性抗リウマチ薬（DMARDs）が用いられることが多くあります。 DMARDsは日本赤十字の悪化を抑えることができます。 しかし、症状を和らげるのに数週間から数ヶ月かかるため、NSAIDsと併用することが多くなっています。 メトトレキサートは通常、医師がJRAに処方する主なDMARDです。
プレドニゾンなどのコルチコステロイドは、重症のJRAの子どもたちに効くことがあります。 これらの薬は、心臓の周りの粘膜の炎症（心膜炎）のような重い症状を止めるのに役立ちます。 医師はこれらの薬を直接静脈に注射したり、関節に注射したり、口から飲ませたりすることができます。 ステロイドは子どもの正常な成長を妨げ、丸顔、体重増加、骨の弱体化、感染症にかかりやすくなるなどの副作用を引き起こすことがあります。 注射薬には、アダリムマブ（ヒュミラ）、アバタセプト（オレンシア）、トシリズマブ（アクテムラ）、エタネルセプト（エンブレル）、カナキヌマブ（イラリス）などがあります。 生物学的製剤は、過剰な免疫系を抑制し、炎症を引き起こすタンパク質を標的としています。