Nacida en el Palacio de Linlithgow, West Lothian, el 8 de diciembre de 1542, María se convirtió en Reina de Escocia cuando tenía seis días de edad.
Sus pretensiones al trono de Inglaterra eran casi tan fuertes como sus pretensiones al trono de Escocia. Como bisnieta de Enrique VII de Inglaterra, María era la siguiente en la línea de sucesión al trono inglés, después de los hijos de Enrique VIII.
Dada su juventud y sexo, la nobleza escocesa decidió que debía hacer las paces con Inglaterra, y acordaron que se casara con el hijo de Enrique VIII, el futuro Eduardo VI.
Sin embargo, apenas arreglado el tratado, los católicos opuestos al plan llevaron a la joven María al castillo de Stirling y, para furia de Enrique, rompieron el matrimonio, prefiriendo volver a la tradicional alianza de Escocia con Francia.
Entonces Enrique ordenó la salvaje serie de incursiones en Escocia conocida como «El rudo cortejo». Su ejército incendió la abadía de Holyroodhouse, donde estaba enterrado Jacobo V, quemó cultivos en el valle del Tweed e incendió las abadías fronterizas de Melrose, Jedburgh y Dryburgh.
Indignados, los escoceses en 1548 desposaron a María con el heredero del rey francés Enrique II, el Delfín Francisco, y la enviaron para que se educara en la Corte francesa. Se dice que la ortografía del nombre de la familia real de Stewart cambió a Stuart en ese momento, para adaptarse a la ortografía convencional francesa.
Alta, agraciada y rápida, María se casó con el Delfín en París el 24 de abril de 1558. Sucedió al trono de su padre en 1559, convirtiendo a María en reina de Francia además de Escocia, pero su reinado fue breve pues murió de una infección de oído en 1560.
Al año siguiente, a pesar de las advertencias de sus amigos, María decidió volver a Escocia, ahora un país oficialmente protestante tras las reformas religiosas lideradas por John Knox.
Era católica romana, pero su hermanastro, lord James Stewart, más tarde conde de Moray, le había asegurado que se le permitiría practicar el culto que deseara y en agosto de 1561 regresó, con una inesperada y cálida bienvenida por parte de sus súbditos protestantes.
Al principio María gobernó con éxito y moderación, aconsejada por lord James y William Maitland de Lethington, un sutil diplomático. Sin embargo, su matrimonio en 1565 con su primo segundo Enrique, Lord Darnley (bisnieto de Enrique VII) inició una trágica serie de acontecimientos agravados por los facciosos nobles escoceses.
Cabreado y petulante, Darnley se convirtió en el instrumento de los enemigos de María y, con un grupo de conspiradores, irrumpió en su sala de cenas, amenazó a la reina, que estaba muy embarazada, y asesinó a su secretario, David Riccio, el 9 de marzo de 1566 dentro del Palacio de Holyroodhouse.
El nacimiento del hijo de María y Darnley, Jacobo, ese verano no mejoró en nada su relación, y cuando Darnley fue asesinado en Kirk o’Field, a las afueras de las murallas de Edimburgo, el 10 de febrero de 1567, la gente sospechó que ella estaba implicada en el crimen.
Su posterior matrimonio, tres meses después, con el conde de Bothwell (del que se cree generalmente que es el principal asesino) la llevó a la ruina inevitable. Sus lores protestantes se levantaron contra ella y su ejército se enfrentó al suyo en Carberry Hill, cerca de Edimburgo, el 15 de junio de 1567.
Se rindió, fue encarcelada en el castillo de Lochleven, en Kinross-shire y obligada a abdicar en favor de su hijo pequeño. Bothwell huyó a Escandinavia, donde fue arrestado y mantenido prisionero hasta su muerte.
Mary escapó de Lochleven en 1568, pero fue derrotada en la batalla de Langside, cerca de Glasgow, el 13 de mayo. Huyendo hacia el sur, buscó refugio en Inglaterra, creyendo que la reina Isabel I apoyaría su causa, pero en lugar de ello fue mantenida en cautiverio en Inglaterra durante 19 años.
El foco de una larga serie de conspiraciones católicas romanas contra Isabel, que culminó con la Conspiración Babington para asesinar a la reina inglesa, llevó a los ministros de Isabel a exigir la ejecución de María: ‘mientras haya vida en ella, hay esperanza; así como ellos viven en la esperanza, nosotros vivimos en el miedo’.
María fue finalmente ejecutada en el castillo de Fotheringhay, en Northamptonshire, el 8 de febrero de 1587, a la edad de 44 años.
Fue enterrada en la Catedral de Peterborough, pero en 1612 su hijo Jacobo VI y I hizo exhumar su cuerpo y colocarlo en la bóveda de la Capilla del Rey Enrique VII en la Abadía de Westminster.