Schubdieren zijn solitair, de meeste zijn nachtdieren en zeer geheimzinnig; daarom is het voor wetenschappers moeilijk om ze in het wild te bestuderen, en blijven er vele mysteries over hun gedrag en gewoonten bestaan. Sommige schubdiersoorten, zoals het Chinees schubdier, slapen overdag in ondergrondse holen, terwijl andere, zoals zwartbuikschubdieren en Sunda schubdieren, in bomen slapen. Zij komen ’s avonds te voorschijn om naar insecten te zoeken. Schubdieren zijn goed aangepast aan het graven: zij graven holen met hun sterke voorpoten en klauwen, en gebruiken hun staart en achterpoten voor steun en evenwicht. In ondergrondse gangen graven ze de wanden en daken van gangen uit door met hun taaie geschubde lichamen omhoog en van links naar rechts te duwen. Ze gebruiken hun voor- en achterpoten om opgehoopte aarde naar de ingang van het hol terug te duwen, en schoppen krachtig vuil uit de ingang, tot wel een meter of meer.
Chinese schubdieren in gematigde streken brengen de wintermaanden door in diepe holen. De winterholen worden strategisch uitgegraven in de buurt van termietennesten die een blijvende voedselbron vormen. In de Chinese legende wordt gezegd dat schubdieren ondergronds de hele wereld rondreizen, en in het Kantonees betekent de naam voor schubdieren “het dier dat door de berg graaft”, of “Chun-shua-cap”, wat vertaald “geschubde heuvelfokker” betekent.
Terwijl schubvogelsoorten veel kenmerken en gewoonten delen, zijn er ook verschillen. Witbuikschubdieren zijn boombewonende klimmers, terwijl bodemschubdieren grondbewoners zijn. En sommige, waaronder alle vier Aziatische soorten, zijn opportunistisch en kunnen zowel in bomen als op de grond foeragerend worden aangetroffen. Indische schubdieren die in Sri Lanka worden aangetroffen, leven naar verluidt in het bladerdak van het regenwoud waar fruit en bloemen voorkomen die mieren aantrekken, in plaats van op grondniveau waar het erg donker is en het voedselaanbod beperkt is. Sommige schubvissoorten hebben zelfs half grijpstaarten – zij kunnen met hun staart takken grijpen en eraan hangen, wat hen helpt bij het klimmen.
De schubben van schubdieren vormen een goede verdediging tegen roofdieren. Bij bedreiging kunnen schubdieren zich snel tot een bal opkrullen, waardoor hun weerloze onderzijde wordt beschermd. Zij schrikken roofdieren ook af door te sissen en te puffen, en door met hun scherpgerande staart te zwaaien. Pangolins, die afhankelijk zijn van hun sterke reukzin, identificeren hun territorium door geurmarkering met urine en afscheidingsproducten uit een speciale klier, en door het uitstrooien van uitwerpselen. Wetenschappers vermoeden dat deze geuren dominantie en sexuele status adverteren, en ook kunnen helpen om individuen elkaar te laten herkennen.