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Panamá está situado en la parte más estrecha y baja del Istmo de Panamá que une América del Norte y América del Sur. Esta parte del istmo, con forma de S, está situada entre los 7° y 10° de latitud norte y los 77° y 83° de longitud oeste. Ligeramente más pequeño que Carolina del Sur, Panamá abarca aproximadamente 77.082 kilómetros cuadrados, tiene 772 kilómetros de longitud y entre 60 y 177 kilómetros de ancho.
Las dos costas de Panamá se denominan Caribe (o Atlántico) y Pacífico, en lugar de costas norte y sur. Al este está Colombia y al oeste Costa Rica. Debido a la ubicación y el contorno del país, las direcciones expresadas en términos de la brújula son a menudo sorprendentes. Por ejemplo, el tránsito por el Canal de Panamá desde el Pacífico hasta el Caribe implica viajar no hacia el este sino hacia el noroeste, y en Ciudad de Panamá el amanecer es hacia el este sobre el Pacífico.
El país está dividido en nueve provincias, más la Comarca de San Blas, que a efectos estadísticos se trata como parte de la Provincia de Colón en la mayoría de los documentos oficiales. Los límites provinciales no han cambiado desde que se determinaron en la independencia en 1903. Las provincias se dividen en distritos, que a su vez se subdividen en secciones llamadas corregimientos. Las configuraciones de los corregimientos se modifican periódicamente para adaptarse a los cambios de población que revelan los informes censales.
Los dos límites internacionales del país, con Colombia y Costa Rica, han sido claramente demarcados, y a finales de la década de 1980 no había disputas pendientes. El país reclama el fondo marino de la plataforma continental, que según Panamá se extiende hasta el contorno submarino de 500 metros. Además, una ley de 1958 afirma la jurisdicción sobre 12 millas náuticas desde las costas, y en 1968 el gobierno anunció la reclamación de una Zona Económica Exclusiva de 200 millas náuticas.
La costa del Caribe está marcada por varios buenos puertos naturales. Sin embargo, Cristóbal, en el extremo caribeño del canal, tenía las únicas instalaciones portuarias importantes a finales de la década de 1980. Las numerosas islas del Archipiélago de Bocas del Toro, cerca de la frontera con Costa Rica, proporcionan una extensa rada natural y protegen el puerto bananero de Almirante. Las más de 350 islas de San Blas, cerca de Colombia, se extienden por más de 160 kilómetros a lo largo de la protegida costa caribeña.
El principal puerto de la costa del Pacífico es Balboa. Las principales islas son las del Archipiélago de las Perlas, en el centro del Golfo de Panamá, la colonia penal de la Isla de Coiba, en el Golfo de Chiriquí, y la decorativa isla de Taboga, una atracción turística que puede verse desde la ciudad de Panamá. En total, hay unas 1.000 islas en la costa del Pacífico.
Las aguas costeras del Pacífico son extraordinariamente poco profundas. Sólo se alcanzan profundidades de 180 metros fuera de los perímetros del Golfo de Panamá y del Golfo de Chiriquí, y las amplias marismas se extienden hasta 70 kilómetros hacia el mar desde las costas. En consecuencia, la amplitud de las mareas es extrema. Una variación de unos 70 centímetros entre la pleamar y la bajamar en la costa del Caribe contrasta fuertemente con los más de 700 centímetros de la costa del Pacífico, y unos 130 kilómetros más arriba del Río Tuira el rango aún supera los 500 centímetros.
La característica dominante del relieve del país es la espina central de montañas y colinas que forma la división continental. La divisoria no forma parte de las grandes cadenas montañosas de América del Norte, y sólo cerca de la frontera colombiana hay tierras altas relacionadas con el sistema andino de América del Sur. La espina dorsal que forma la divisoria es el arco altamente erosionado de un levantamiento desde el fondo del mar, en el que se formaron picos por intrusiones volcánicas.
La cordillera de la divisoria se llama Cordillera de Talamanca cerca de la frontera con Costa Rica. Más al este se convierte en la Serranía de Tabasará, y la parte más cercana a la silla inferior del istmo, donde se encuentra el canal, suele llamarse Sierra de Veraguas. En su conjunto, la cordillera entre Costa Rica y el canal es generalmente denominada por los geógrafos panameños como la Cordillera Central.
El punto más alto del país es el Volcán Barú (antes conocido como Volcán de Chiriquí), que se eleva a casi 3.500 metros. El vértice de un altiplano que incluye el suelo más rico de la nación, el Volcán Barú todavía se conoce como un volcán, aunque ha estado inactivo durante milenios.
Cerca de 500 ríos surcan el accidentado paisaje de Panamá. En su mayoría no navegables, muchos se originan como rápidos arroyos de las tierras altas, serpentean en los valles y forman deltas costeros. Sin embargo, el Río Chepo y el Río Chagres son fuentes de energía hidroeléctrica.
El Río Chagres es uno de los más largos y vitales de los aproximadamente 150 ríos que desembocan en el Caribe. Parte de este río fue represado para crear el Lago Gatún, que forma una parte importante de la ruta de tránsito entre las esclusas cercanas a cada extremo del canal. Tanto el lago Gatún como el lago Madden (también lleno de agua del río Chagres) proporcionan energía hidroeléctrica para el área de la antigua Zona del Canal.
El Río Chepo, otra importante fuente de energía hidroeléctrica, es uno de los más de 300 ríos que desembocan en el Pacífico. Estos ríos orientados al Pacífico son más largos y de curso más lento que los del lado del Caribe. Sus cuencas son también más extensas. Uno de los más largos es el Río Tuira, que desemboca en el Golfo de San Miguel y es el único río del país navegable por embarcaciones mayores.
Panamá tiene un clima tropical. Las temperaturas son uniformemente altas -al igual que la humedad relativa- y hay poca variación estacional. Los rangos diurnos son bajos; en un día típico de la estación seca en la capital, la mínima de la mañana puede ser de 24°C y la máxima de la tarde de 29°C. La temperatura rara vez supera los 32°C durante más de un corto periodo de tiempo.
Las temperaturas en el lado del Pacífico del istmo son algo más bajas que en el Caribe, y las brisas tienden a aumentar después del atardecer en la mayor parte del país. Las temperaturas son notablemente más frías en las partes altas de las cordilleras, y se producen heladas en la Cordillera de Talamanca, en el oeste de Panamá.
Las regiones climáticas se determinan menos en función de la temperatura que de las precipitaciones, que varían regionalmente de menos de 1,3 a más de 3 metros por año. Casi toda la lluvia cae durante la estación lluviosa, que suele ser de abril a diciembre, pero cuya duración varía de siete a nueve meses. El ciclo de lluvias está determinado principalmente por dos factores: la humedad del Caribe, que es transportada por los vientos del norte y el noreste que predominan durante la mayor parte del año, y la divisoria continental, que actúa como escudo contra las lluvias en las tierras bajas del Pacífico. Una tercera influencia que está presente durante el final del otoño es el viento del suroeste del Pacífico. Este viento trae algunas precipitaciones a las tierras bajas del Pacífico, modificadas por las tierras altas de la Península de Azuero, que forman un escudo de lluvia parcial para gran parte del centro de Panamá. En general, las precipitaciones son mucho más intensas en el Caribe que en el lado del Pacífico de la divisoria continental. La media anual en Ciudad de Panamá es poco más de la mitad de la de Colón. Aunque las tormentas de la temporada de lluvias son comunes, el país está fuera de la ruta de los huracanes.
El medio ambiente tropical de Panamá sustenta una abundancia de plantas. Predominan los bosques, interrumpidos en algunos lugares por pastizales, matorrales y cultivos. Aunque casi el 40 por ciento de Panamá sigue siendo boscoso, la deforestación es una amenaza continua para las tierras boscosas bañadas por la lluvia. La cubierta arbórea se ha reducido en más de un 50% desde la década de 1940. La agricultura de subsistencia, ampliamente practicada desde las selvas del noreste hasta los pastizales del suroeste, consiste en gran parte en parcelas de maíz, frijoles y tubérculos. Los manglares se extienden a lo largo de ambas costas, y las plantaciones de plátanos ocupan los deltas cerca de Costa Rica. En muchos lugares, un bosque pluvial de varias especies colinda con el pantano en un lado del país y se extiende hasta la parte baja de las laderas en el otro.
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