A pesar de su estado de conservación, la pérdida de praderas abiertas ha reducido drásticamente la población de perros de las praderas. A principios del siglo XX, los perritos de las praderas ocupaban 40 millones de hectáreas de las Grandes Llanuras a lo largo del lado oriental de las Rocosas, desde Canadá hasta México. En la actualidad, esa área de distribución ha disminuido a menos de 2 millones de acres (766.400 hectáreas). La agricultura y la urbanización son responsables de la drástica pérdida y fragmentación del hábitat del perrito de las praderas.
Considerados como plagas, los perritos de las praderas han sido exterminados (mediante envenenamiento y disparos) debido a la competencia percibida con el ganado de pastoreo y el bisonte por los pastos. Sin embargo, los estudios indican que los perros de las praderas no afectan significativamente a la cantidad de vegetación disponible para el ganado.
Los perros de las praderas de cola negra también están luchando contra una enfermedad introducida inadvertidamente llamada peste silvestre. Esta infección está causada por una bacteria transmitida por las pulgas y puede ser muy grave, capaz de matar a más del 99% de una colonia. A pesar de la gravedad de esta plaga, el Servicio de Pesca y Vida Silvestre de EE.UU. ha llegado a la conclusión de que los perritos de las praderas no están significativamente amenazados debido a su capacidad para recuperar su población, a la elevada exposición necesaria para contraer la enfermedad y al área de distribución en la que se ha extendido la plaga.
Los perritos de las praderas de cola negra son una especie paraguas y clave: desempeñan un papel importante en el ecosistema de los pastizales y sus poblaciones sirven de apoyo a otras especies. Los biólogos cuentan con más de 170 especies de vertebrados afectados por la existencia de los perros de la pradera. Una de sus importantes funciones es remover el suelo; sacan la tierra del túnel a la superficie y los túneles airean el suelo. Los científicos han aprendido que el recorte de hierba que realizan estimula un nuevo crecimiento y puede aumentar la calidad y diversidad del forraje para otros pastores. Sin embargo, se sabe que en el centro de sus poblados acaban con la hierba, lo que permite la entrada de hierbas de hoja ancha y pequeños arbustos.
Otros estudios demuestran que la densidad de la fauna silvestre tiende a ser mayor alrededor de los poblados de perritos de la pradera que en las extensiones de pradera sin perros de la pradera. Entre las demás especies se encuentran los ratones, los zorros veloces y las aves de rapiña. Los búhos de madriguera y las serpientes de cascabel de las praderas se refugian en las madrigueras. Los ciervos buscan los arbustos de hoja ancha en el centro de los pueblos. De hecho, los científicos han descubierto que los perros de las praderas suelen ser un síntoma de sobrepastoreo, ya que se desenvuelven mejor en zonas sobrepastoreadas. Antes de la expansión occidental, los perritos de las praderas seguían a los rebaños de bisontes y fundaban sus poblados en las tierras que habían sido pastoreadas hasta el suelo.
Desgraciadamente, la peste selvática tiene la capacidad de matar a más del 99% de los perritos de las praderas de una colonia, lo que hace que la recuperación de las poblaciones infectadas sea increíblemente difícil. A pesar de ello, el número total de la población sigue siendo alto. Las colonias de perritos de la pradera están presentes en varias zonas protegidas en las que no se permiten medidas de caza/erradicación. Se necesitan más estudios e inventarios de la población, así como investigaciones sobre la genética del perrito de las praderas y la fragmentación del hábitat entre las colonias.
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